Přejít na hlavní obsah

doc. RNDr. Milan Předota, Ph.D.

  • Pracoviště:
  • E-mail:
    Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.
  • Telefon:
    +420 389 036 258
  • Místnost:
    010502013 sekretariát 013 - 2. patro - pavilon C
    Branišovská 1760 České Budějovice
    navigovat
Poslat zprávu

Vyučované předměty

Projekty

Projekty lorem ipsum:

  • lorem ipsum
  • lorem ipsum
  • lorem ipsum

Publikace

Detail publikace Autoři Název publikace Rok Druh publikace Poddruh publikace

Životopis

1971 Narozen v Českých Budějovicích
1990-1995 Mgr., absolvování teoretické fyziky na Matematicko-fyzikální fakultě Univerzity Karlovy v Praze (s vyznamenáním)
Diplomová práce: “Studium růstu povrchů”, vedoucí práce RNDr. Miroslav Kotrla, CSc., Fyzikální ústav AV ČR
1995-1998 Ph.D.,  doktorské studium na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze, obor fyzikální chemie
Disertační práce: “Water at the level of extended primitive models”, školitel: prof. RNDr. Ivo Nezbeda, DrSc., Ústav chemických procesů AV ČR
2013 doc., habilitační řízení, Matematicko-fyzikální fakulta Karlovy Univerzity v Praze, obor Fyzika – Fyzika molekulárních a biologických struktur. Habilitační práce “Computer simulations of solid-liquid interfaces”
1999-2002 Post-doctoral Research Associate (2001-2002 Senior Research Associate), Department of Chemical Engineering, University of Tennessee, Knoxville, USA
1995-2013 vědecký pracovník, Ústav chemických procesů AV ČR
2003- Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
2003-2007   Katedra zdravotnické fyziky a biofyziky, Zdravotně sociální fakulta JU, odborný asistent
2008-2013   Katedra fyziky, Přírodovědecká fakulta JU, odborný asistent
2012-         Přírodovědecká fakulta JU, proděkan pro vědu
2013-         Katedra fyziky (do r. 2018 Katedra fyziky), Přírodovědecká fakulta JU, docent

 

Tvůrčí činnost

Statistická mechanika molekulárních tekutin, počítačové simulace kapalin, stavové rovnice a fázové rovnováhy, počítačové simulace složitých ‘realistických’ systémů, paralelní programování vědeckých výpočtů, nové metody a teorie počítačových simulací, použití počítačových simulací v chemickém inženýrství, fyzice a biofyzice, stochastické procesy ve fyzice a chemii, jevy na rozhraní kapalina-pevná látka.

A. Monografie

 

B. Kapitoly v monografiích

1.       L. Vlcek, P. Ganesh, A. Bandura, E. Mamontov, M. Predota, P. T. Cummings, D. J. Wesolowski: “Modeling Interactions of Metal Oxide Surfaces with Water” in “Chemical Sensors: Simulation and Modeling, Vol. 1”, Korotcenkov G. (ed.), Momentum Press, LLC, 46 pp., 2012 (in press, DOI: 10.5643/9781606503119/ch6).

 

C. Původní vědecké práce

 

C1 Práce publikované v odborných časopisech vydávaných v zahraničí:

1.      M. Předota and M. Kotrla: “Stochastic equations for simple discrete models of epitaxial growth“, Physical Review E   54, 3933-3942, (1996).[IF1997 = 2.233]

2.      M. Kotrla and M. Předota: “Interplay between kinetic roughening and phase ordering”, Europhysics Letters 39 , 251-256 (1997).[IF = 2.350]

3.      M. Kotrla, M. Předota, and F. Slanina: “Kinetic roughening and phase ordering in the two-component growth model”, Surface Science, 402-404, 249-252 (1998).[IF 2.241]

4.      M. Kotrla, F. Slanina, and M. Předota: “Scaling in the two-component surface growth”, Physical Review B 58 , 10003-10011(1998).[IF=2.842]

5.      M. Předota, I. Nezbeda, and Yu. V. Kalyuzhnyi: Fluids of pseudo-hard bodies II. Reference models for water, methanol, and ammonia“, Molecular Physics 94, 937-948 (1998).[IF=1.854]

6.      M. Předota and I. Nezbeda: “Hydrophobic hydration at the level of primitive models”, Molecular Physics 96, 1237-1248 (1999).[IF=1.774]

7.      M. Předota, A. A. Chialvo, and P. T. Cummings: “On the determination of the vapor-liquid envelope for polarizable models by Monte Carlo simulation “, Fluid Phase Equilibria, 183-184 , 295-300 (2001).[IF=1.217]

8.      M. Předota, P. T. Cummings, and A. A. Chialvo: “Pair approximation for polarization interaction: Efficient method for Monte Carlo simulations of polarizable fluids”, Molecular Physics 99, 349-354 (2001).[IF=1.735]

9.      M. Předota, I. Nezbeda and P. T. Cummings: “Hydrophobic hydration at the level of primitive models. II. Large solutes and water restructuring”, Molecular Physics 100, 2189-2200 (2002).[IF=1.617]

10.   M. Předota, P. T. Cummings, and A. A. Chialvo: “Pair approximation for polarization interaction and adiabatic nuclear and electronic sampling method for fluids with dipole polarizability”, Molecular Physics 100 , 2703-2718 (2002).[IF=1.617]

11.   J. Rivera, M. Předota, P. T. Cummings, and A. A. Chialvo: “Vapor-Liquid simulation of the SCPDP model of water”, Chemical Physics Letters 357 , 189-194 (2002).[IF=2.526]

12.   M. Předota, A. Ben-Naim, I. Nezbeda: “On independence of the solvation of interaction sites of a water molecule”, Journal of Chemical Physics 118, 6446-6454 (2003).[IF=2.950]

13.   Z. Zhang, P. Fenter, L. Cheng, N. C. Sturchio, M. J. Bedzyk, M. Předota, A. Bandura, J. Kubicki, S. N. Lvov, P. T. Cummings, A. A. Chialvo, M. K. Ridley, P. Bénézeth, L. Anovitz, D. A. Palmer, M. L. Machesky, D. J. Wesolowski: “Ion Adsorption at the Rutile-Water Interface: Linking Molecular and Macroscopic Properties, Langmuir 20, 4954-4969, (2004).[IF=3.295]

14.   M. Předota, A. V. Bandura, P. T. Cummings, J. D. Kubicki, D. J. Wesolowski, A. A. Chialvo, and M. L. Machesky: “Electric double layer at the rutile (110) surface. 1. Structure of surfaces and interfacial water from molecular dynamics using ab initio potentials”, J. Phys. Chem. B 108(32), 12049-12060 (2004).[IF=3.834]

15.   M. Předota, Z. Zhang, P. Fenter, D. J. Wesolowski, and P. T. Cummings: “Electric double layer at the rutile (110) surface. 2. Adsorption of ions from molecular dynamics and X-ray experiments”, J. Phys. Chem. B 108(32), 12061-12072 (2004).[IF=3.834]

16.   P. Paricaud, M. Předota, A.A. Chialvo, P.T. Cummings: “From dimer to condensed phases at extreme conditions: Accurate predictions of the properties of water by a Gaussian charge polarizable model”, J. Chem. Phys. 112(24), Art. No. 244511 (2005).[IF=3.138]

17.   P. Jedlovszky, M. Předota, and I. Nezbeda: “Hydration of apolar solutes of varying size: a systematic study”, Molecular Physics 104, 2465–2476 (2006).[IF=1.690]

18.   M. Předota and L. Vlček: “Comment on Parts 1 and 2 of the Series “Electric Double Layer at the Rutile (110) Surface”,  J. Phys. Chem. B 111, 1245-1247 (2007).[IF=4.086]

19.   M. Předota, P. T. Cummings, and D. J. Wesolowski: “Electric Double Layer at the Rutile (110) Surface. 3. Inhomogeneous Viscosity and Diffusivity Measurement by Computer Simulations” J. Phys. Chem. C 111, 3071 - 3079 (2007).[IF2007 unassigned, IF2008 = 3.396]

20.   L. Vlcek, Z. Zhang, M. L. Machesky, P. Fenter, J. Rosenqvist, D. J. Wesolowski, L. M. Anovitz, M. Předota, and P. T. Cummings: “Electric Double Layer at Metal Oxide Surfaces: Static Properties of the Cassiterite-Water Interface”, Langmuir 23, 4925 - 4937 (2007).[IF=4.009]

21.   M. L. Machesky, M. Předota, D. J. Wesolowski, L. Vlcek, P. T. Cummings, J. Rosenqvist, M. K. Ridley, J. D. Kubicki, A. V. Bandura, N. Kumar, and J. O. Sofo “Surface Protonation at the Rutile (110) Interface: Explicit Incorporation of Solvation Structure within the Refined MUSIC Model Framework”, Langmuir 24, 12331-12339 (2008).[IF=4.097]

22.   M. Machesky, D. Wesolowski, J. Rosenqvist, M. Předota, L. Vlcek, M. Ridley, V. Kohli, Z. Zhang, P. Fenter, P. Cummings, S. Lvov, M. Fedkin, V. Rodriguez-Santiago, J. Kubicki, and A. Bandura: "Comparison of cation adsorption by isostructural rutile and cassiterite", Langmuir 27, 4585–4593 (2011).[IF2010 = 4.269]

23.   S. Pařez and M. Předota: “Determination of Distance-dependent Viscosity of Mixtures in Parallel Slabs using Non-equilibrium Molecular Dynamics”, Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 3640-3650 (2012). [IF = 3.829]

24.   I. Romancová, Z. Chval and M. Předota: “Influence of the Environment on the Specificity of the Mg(II) Binding to Uracil”,  J. Phys. Chem. A 116, 1786−1793 (2012). [IF2010 = 2.732]

25.   M. Kabeláč, O. Kroutil, M. Předota, F. Lankaš and M. Šíp: “Influence of a Charged Graphene Surface on the Orientation and Conformation of Covalently Attached Oligonucleotides: A Molecular Dynamics Study”, Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 4217–4229 (2012). [IF = 3.829]

26.   D.  J. Wesolowski, J. O. Sofo, A. V. Bandura, Z. Zhang, E. Mamontov, M. Předota, N. Kumar, J. D. Kubicki, P. R. C. Kent, L. Vlcek, M. L. Machesky, P. A. Fenter, P. T. Cummings, L. M. Anovitz, A. Skelton, J. Rosenqvist: “Comment on “Structure and Dynamics of Liquid Water on Rutile TiO2(110)””, Phys. Rev. B 85, 167401-5 (2012). [IF = 3.767]

27.   M. Lísal, M. Předota and J. K. Brennan: “Molecular-Level Simulations of Chemical Reaction Equilibrium and Diffusion in Slit and Cylindrical Nanopores: Model Dimerization Reactions”, Mol. Sim. 39, 1103–1120, (2013). https://dx.doi.org/10.1080/08927022.2013.797576 [IF = 1.119]

28.   M. Předota, M. L. Machesky, D. J. Wesolowski, and P. T. Cummings: “Electric Double Layer at the Rutile (110) Surface. 4. Effect of Temperature and pH on the Adsorption and Dynamics of Ions”, J. Phys. Chem. C 117, 22852-22866 (2013). https://dx.doi.org/10.1021/jp407124p [IF = 4.835]

29.   S. Parez, M. Předota, and M. Machesky: “Dielectric Properties of Water at Rutile and Graphite Surfaces: Effect of Molecular Structure”, J. Phys. Chem. C 118, 4818-4834 (2014). https:// dx.doi.org/10.1021/jp4128012 [IF = 4.772]

30.   O. Kroutil, Z. Chval, A. A. Skelton, and M. Předota: “Computer Simulations of Quartz (101)–Water Interface over a Range of pH Values”, J. Phys. Chem. C 119, 9274–9286 (2015). https://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcc.5b00096. Supporting info [IF = 4.509]

31.   M. L. Machesky, M. Předota, M. K. Ridley, and D. J. Wesolowski: “Constrained Surface Complexation Modeling: Rutile in RbCl, NaCl, and NaCF3SO3 Media to 250 °C”, J. Phys. Chem. C 119, 15204–15215 (2015). https://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcc.5b02841 [IF = 4.509]

32.   O. Kroutil, M. Předota, and Z. Chval: “Pt···H Nonclassical Interaction in Water-Dissolved Pt(II) Complexes: Coaction of Electronic Effects with Solvent-Assisted Stabilization”, Inorg. Chem. 55, 3252–3264 (2016). https://dx.doi.org/10.1021/acs.inorgchem.5b02261 [IF = 4.857]

33.   M. Předota, M. L. Machesky, D. J. Wesolowski: “Molecular Origins of the Zeta Potential”, Langmuir 32, 10189–10198 (2016). https://dx.doi.org/10.1021/acs.langmuir.6b02493 + Supporting information [IF = 3.789]

34.   O. Kroutil, M. Předota, M. Kabeláč: “Force Field Parametrization of Hydrogenoxalate and Oxalate Anions with Scaled Charges”, J. Mol. Model. 23:327 (2017). https://dx.doi.org/10.1007/s00894-017-3490-x  + Supplementary material. Free viewing of the manuscript https://rdcu.be/xOyv [IF = 1.507]

35.   D. Biriukov, O. Kroutil, M. Předota: “Modeling of the Solid-Liquid Interface using Scaled Charges: Rutile (110) Surfaces”, Physical Chemistry Chemical Physics 20, 23954 - 23966 (2018). https://doi.org/10.1039/C8CP04535F + Supporting information [IF = 3.567]

36.   Z. Brkljača, D. Namjesnik, J. Lützenkirchen, M. Předota, and T. Preočanin: “Quartz/Aqueous Electrolyte Solution Interface: Molecular Dynamic Simulation and Interfacial Potential Measurements”, J. Phys. Chem. C 122, 24025-24036 (2018).  https:// dx.doi.org/10.1021/acs.jpcc.8b04035 + Supporting information [IF = 4.309]

37.   D. Biriukov, O. Kroutil, M. Kabeláč, M. K. Ridley, M. L. Machesky, M. Předota: “Oxalic Acid Adsorption on Rutile: Molecular Dynamics and ab Initio Calculations”, Langmuir 35, 7617-7630 (2019). https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.8b03984 + Supporting information [IF = 3.557]

38.   M. L. Machesky, M. K. Ridley, D. Biriukov, O. Kroutil, M. Předota: “Oxalic Acid Adsorption on Rutile: Experiments and Surface Complexation Modeling to 150 °C”, Langmuir 35, 7631-7640 (2019). https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.8b03982 + Supporting information (pdf, xlsx) [IF = 3.557]

39.   A. Marchioro, M. Bischoff, C. Lütgebaucks, D. Biriukov, M. Předota and S. Roke: “Surface Characterization of Colloidal Silica Nanoparticles by Second Harmonic Scattering: Quantifying the Surface Potential and Interfacial Water Order”, J. Phys. Chem. C 123, 20393−20404 (2019). https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.9b05482 + Supporting information [IF = 4.189]

40.   D. Biriukov, P. Fibich, M. Předota: “Zeta Potential Determination from Molecular Simulations”, J. Phys. Chem. C 124, 3159-3170 (2020). https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.9b11371 + Supporting Information [IF = 4.126]

41.   M. Bischoff, D. Biriukov, M. Předota, S. Roke, A. Marchioro: “Surface Potential and Interfacial Water Order at the Amorphous TiO2 Nanoparticle/Aqueous Interface”, J. Phys. Chem. C 124, 10961-10974 (2020). https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.0c01158 + Supporting Information [IF = 4.126]

42.   M. Předota, D. Biriukov: “Electronic Continuum Correction without Scaled Charges”, J. Mol. Liq. 314, 113571 (2020). https://doi.org/10.1016/j.molliq.2020.113571. [IF =6.165]

43.   O. Kroutil, S. Pezzotti, M.-P. Gaigeot, M. Předota: “Phase-Sensitive Vibrational SFG Spectra from Simple Classical Force Fields Molecular Dynamics Simulations”, J. Phys. Chem. C 124, 15253–15263 (2020). https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.0c03576 [IF = 4.126]

44.   N. Rampal, H.-W. Wang, D. Biriukov, A. B. Brady, J. C. Neuefeind, M. Předota, A.G. Stack: “Local molecular environment drives speciation and reactivity of ion complexes in concentrated salt solution”, J. Mol. Liq. 340, 116898 (2021). https://doi.org/10.1016/j.molliq.2021.116898 (open access) [IF =6.633]

45.   O. Kroutil, V. D. Nguyen, J. Volánek, A. Kučera, M. Předota, V. Vranová: “Clinoptilolite/electrolyte Interface Probed by a Classical Molecular Dynamics Simulations and Batch Adsorption experiments”, Microporous and Mesoporous Materials 328, 111406 (2021), https://doi.org/10.1016/j.micromeso.2021.111406 [IF =5.876]

46.   M. Bischoff, D. Biriukov, M. Předota, and A. Marchioro: “Second Harmonic Scattering Reveals Ion-Specific Effects at the SiO2 and TiO2 Nanoparticle/Aqueous Interface”, J. Phys. Chem. C 125, 25261−25274 (2021). https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.1c07191 [IF =4.177]

47.   D. Biriukov, H.-W. Wang, N. Rampal, C. Tempra, P. Kula, J. C. Neuefeind, A. G. Stack, and M. Předota: “The “Good,” the “bad,” and the “hidden” in neutron scattering and molecular dynamics of ionic aqueous solutions”, J. Chem. Phys. 156, 194505 (2022). https://doi.org/10.1063/5.0093643 [IF =4.400]

48.   B. Chu, D. Biriukov, M. Bischoff, M. Předota, S. Roke and A. Marchioro: “Evolution of the Electrical Double Layer with Electrolyte Concentration Probed by Second Harmonic Scattering”, Faraday Discuss. 246, 407-425 (2023).  https://doi.org/10.1039/D3FD00036B  + SI [IF =3.3]

49.   E. Rezlerová, F. Moučka, M. Předota, and M. Lísal: “Structure and self-diffusivity of alkali-halide electrolytes in neutral and charged graphene nanochannels”, Phys. Chem. Chem. Phys. 25, 21579-21594 (2023). https://doi.org/10.1039/D3CP03027J + SI [IF =2.9]

50.   R. Akbarzadeh, M. Předota: “ReaxFF Molecular Dynamics of Graphene Oxide/NaCl Aqueous Solution Interfaces”, Phys. Chem. Chem. Phys. 26, 2603-2612 (2024). https://doi.org/10.1039/D3CP04735K + SI [IF2023 =2.9]

51.   E. Rezlerová, F. Moučka, M. Předota, and M. Lísal: “Structure and self-diffusivity of mixed-cation electrolytes between neutral and charged graphene sheets”, J. Chem. Phys. 160, 094701 (2024). https://doi.org/10.1063/5.0188104 + SI [IF2022 =4.400]

52.   W. L Chen, O. Kroutil, M. Předota, S. Pezzotti, M. P. Gaigeot: “Wetting of a Dynamically Patterned Surface Is a Time-Dependent Matter”, J. Chem. Phys. B 128, 11914-11923 (2024). https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.4c05163

 

C2 Práce publikované v odborných časopisech vydaných v České republice:

 

53.   M. Předota, I. Nezbeda, and S. Pařez: “Coarse-grained potential for interaction with a spherical colloidal particle and planar wall”, Collect. Czech. Chem. Commun. 75, 527-545 (2010); doi:10.1135/cccc2009542 [IF=0.853]

 

C3 Práce publikované v recenzovaných sbornících vydávaných v zahraničí:

54.   D. J. Wesolowski, L. M. Anovitz, P. Benezeth, A. A. Chialvo, D. A. Palmer, P. Fenter, L. Cheng, N. C. Sturchio, Z. Zhang, M. J. Bedzyk, J. D. Kubicki, M. V. Fedkin, S. N. Lvov, D. Sykes, P. T. Cummings, M. K. Ridley, M. L. Machesky, M. Předota, and A. V. Bandura: “Temperature-effects and structure at the rutile-water interface” In: Water-Rock Interaction, pp. 775-780, (Wanty, R. B. and Seal II, R. R. Eds.) Taylor & Francis, London (2004).

55.   J. D. Kubicki, A. V. Bandura, M. Předota: “Density functional theory calculations and molecular dynamics simulations to investigate the mineral-water interface” In: Water-Rock Interaction, pp. 955-960, (Wanty, R. B. and Seal II, R. R. Eds.) Taylor & Francis, London (2004).

56.   M. Předota, M. L. Machesky, D. J. Wesolowski, and P. T. Cummings: “Hydrogen Bonding at the Rutile (110) Surface - Aqueous Interface”, Advances in Science and Technology (Faenza, Italy), 42, 581-588 (2004).

57.   D. J. Wesolowski, M. L. Machesky, M. K. Ridley, D. A. Palmer, Z. Zhang, P. A. Fenter, M. Předota, and P. T. Cummings: “Ion Adsorption on Metal Oxide Surfaces to Hydrothermal Conditions”, ECS Trans. 11, 167-180 (2008).

58.   M. L. Machesky, D. J. Wesolowski, M. K. Ridley, D. A. Palmer, J. Rosenqvist, S. Lvov, M. Fedkin, M. Předota, and L. Vlcek: “The Protonation Behavior of Metal Oxide Surfaces to Hydrothermal Conditions” ECS Trans. 11, 151-166 (2008).

59.   M. Předota, D.J. Wesolowski, M.L. Machesky, P.T. Cummings: "Molecular dynamics simulations of rutile/aqueous solution interface", Proceedings of the 13th International conference on Water-Rock Interaction Guanajuato, 815-818, (2010) Taylor & Francis Group, London, ISBN 978-0-415-60426-0.

 

C4 Práce publikované v recenzovaných sbornících vydaných v České republice:

 

 

D. Učební texty

M. Šíp, M. Předota, Z. Chval: „Návody k praktickým cvičením z biofyziky“, Jihočeská univerzita, Zdravotně sociální fakulta, 2007 - České Budějovice - 56 s. : il. ; 21 cm. - ISBN 978-80-7040-938-1.

 

E. Ostatní odborné práce

Recenze učebních textů:

2005           Přemysl Záškodný: “Přehled základů teoretické fyziky (s aplikací na radiologii)”, Didaktis, Bratislava, ISBN 80-89160-25-5

2007           Ivo Nezbeda: “The art of molecular simulations: From principles to applications”, Univerzita J.E. Purkyně v Ústí nad Labem, Přírodovědecká fakulta, ISBN 978-80-7044-916-5

 

F. Přehledy a souborné referáty

 

G. Patenty

 

H. Disertační práce

Přírodovědecká fakulta Karlovy University v Praze, doktorské studium fyzikální chemie (Ph.D.)
Doktorská disertační práce M. Předota: “Water at the level of extended primitive models”, školitel: prof. RNDr. Ivo Nezbeda, DrSc., Ústav chemických procesů AV ČR

Informace

Další Informace https://web.prf.jcu.cz/ufy/struktura/lide/predota.html

Přihlaste si
odběr newsletteru

Zůstaňme v kontaktu na
sociálních sítích

Branišovská 1645/31a, 370 05 České Budějovice Tel.+420 389 032 191 | Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript.

Branišovská 1645/31a, 370 05
České Budějovice Tel.+420 389 032 191 Tato e-mailová adresa je chráněna před spamboty. Pro její zobrazení musíte mít povolen Javascript. www.jcu.cz

© Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Cookies

1