Projekty lorem ipsum: Statistická mechanika molekulárních tekutin, počítačové simulace kapalin, stavové rovnice a fázové rovnováhy, počítačové simulace složitých ‘realistických’ systémů, paralelní programování vědeckých výpočtů, nové metody a teorie počítačových simulací, použití počítačových simulací v chemickém inženýrství, fyzice a biofyzice, stochastické procesy ve fyzice a chemii, jevy na rozhraní kapalina-pevná látka. A. Monografie B. Kapitoly v monografiích 1. L. Vlcek, P. Ganesh, A. Bandura, E. Mamontov, M. Predota, P. T. Cummings, D. J. Wesolowski: “Modeling Interactions of Metal Oxide Surfaces with Water” in “Chemical Sensors: Simulation and Modeling, Vol. 1”, Korotcenkov G. (ed.), Momentum Press, LLC, 46 pp., 2012 (in press, DOI: 10.5643/9781606503119/ch6). C. Původní vědecké práce C1 Práce publikované v odborných časopisech vydávaných v zahraničí: 1. M. Předota and M. Kotrla: “Stochastic equations for simple discrete models of epitaxial growth“, Physical Review E 54, 3933-3942, (1996).[IF1997 = 2.233] 2. M. Kotrla and M. Předota: “Interplay between kinetic roughening and phase ordering”, Europhysics Letters 39 , 251-256 (1997).[IF = 2.350] 3. M. Kotrla, M. Předota, and F. Slanina: “Kinetic roughening and phase ordering in the two-component growth model”, Surface Science, 402-404, 249-252 (1998).[IF 2.241] 4. M. Kotrla, F. Slanina, and M. Předota: “Scaling in the two-component surface growth”, Physical Review B 58 , 10003-10011(1998).[IF=2.842] 5. M. Předota, I. Nezbeda, and Yu. V. Kalyuzhnyi: Fluids of pseudo-hard bodies II. Reference models for water, methanol, and ammonia“, Molecular Physics 94, 937-948 (1998).[IF=1.854] 6. M. Předota and I. Nezbeda: “Hydrophobic hydration at the level of primitive models”, Molecular Physics 96, 1237-1248 (1999).[IF=1.774] 7. M. Předota, A. A. Chialvo, and P. T. Cummings: “On the determination of the vapor-liquid envelope for polarizable models by Monte Carlo simulation “, Fluid Phase Equilibria, 183-184 , 295-300 (2001).[IF=1.217] 8. M. Předota, P. T. Cummings, and A. A. Chialvo: “Pair approximation for polarization interaction: Efficient method for Monte Carlo simulations of polarizable fluids”, Molecular Physics 99, 349-354 (2001).[IF=1.735] 9. M. Předota, I. Nezbeda and P. T. Cummings: “Hydrophobic hydration at the level of primitive models. II. Large solutes and water restructuring”, Molecular Physics 100, 2189-2200 (2002).[IF=1.617] 10. M. Předota, P. T. Cummings, and A. A. Chialvo: “Pair approximation for polarization interaction and adiabatic nuclear and electronic sampling method for fluids with dipole polarizability”, Molecular Physics 100 , 2703-2718 (2002).[IF=1.617] 11. J. Rivera, M. Předota, P. T. Cummings, and A. A. Chialvo: “Vapor-Liquid simulation of the SCPDP model of water”, Chemical Physics Letters 357 , 189-194 (2002).[IF=2.526] 12. M. Předota, A. Ben-Naim, I. Nezbeda: “On independence of the solvation of interaction sites of a water molecule”, Journal of Chemical Physics 118, 6446-6454 (2003).[IF=2.950] 13. Z. Zhang, P. Fenter, L. Cheng, N. C. Sturchio, M. J. Bedzyk, M. Předota, A. Bandura, J. Kubicki, S. N. Lvov, P. T. Cummings, A. A. Chialvo, M. K. Ridley, P. Bénézeth, L. Anovitz, D. A. Palmer, M. L. Machesky, D. J. Wesolowski: “Ion Adsorption at the Rutile-Water Interface: Linking Molecular and Macroscopic Properties, Langmuir 20, 4954-4969, (2004).[IF=3.295] 14. M. Předota, A. V. Bandura, P. T. Cummings, J. D. Kubicki, D. J. Wesolowski, A. A. Chialvo, and M. L. Machesky: “Electric double layer at the rutile (110) surface. 1. Structure of surfaces and interfacial water from molecular dynamics using ab initio potentials”, J. Phys. Chem. B 108(32), 12049-12060 (2004).[IF=3.834] 15. M. Předota, Z. Zhang, P. Fenter, D. J. Wesolowski, and P. T. Cummings: “Electric double layer at the rutile (110) surface. 2. Adsorption of ions from molecular dynamics and X-ray experiments”, J. Phys. Chem. B 108(32), 12061-12072 (2004).[IF=3.834] 16. P. Paricaud, M. Předota, A.A. Chialvo, P.T. Cummings: “From dimer to condensed phases at extreme conditions: Accurate predictions of the properties of water by a Gaussian charge polarizable model”, J. Chem. Phys. 112(24), Art. No. 244511 (2005).[IF=3.138] 17. P. Jedlovszky, M. Předota, and I. Nezbeda: “Hydration of apolar solutes of varying size: a systematic study”, Molecular Physics 104, 2465–2476 (2006).[IF=1.690] 18. M. Předota and L. Vlček: “Comment on Parts 1 and 2 of the Series “Electric Double Layer at the Rutile (110) Surface”, J. Phys. Chem. B 111, 1245-1247 (2007).[IF=4.086] 19. M. Předota, P. T. Cummings, and D. J. Wesolowski: “Electric Double Layer at the Rutile (110) Surface. 3. Inhomogeneous Viscosity and Diffusivity Measurement by Computer Simulations” J. Phys. Chem. C 111, 3071 - 3079 (2007).[IF2007 unassigned, IF2008 = 3.396] 20. L. Vlcek, Z. Zhang, M. L. Machesky, P. Fenter, J. Rosenqvist, D. J. Wesolowski, L. M. Anovitz, M. Předota, and P. T. Cummings: “Electric Double Layer at Metal Oxide Surfaces: Static Properties of the Cassiterite-Water Interface”, Langmuir 23, 4925 - 4937 (2007).[IF=4.009] 21. M. L. Machesky, M. Předota, D. J. Wesolowski, L. Vlcek, P. T. Cummings, J. Rosenqvist, M. K. Ridley, J. D. Kubicki, A. V. Bandura, N. Kumar, and J. O. Sofo “Surface Protonation at the Rutile (110) Interface: Explicit Incorporation of Solvation Structure within the Refined MUSIC Model Framework”, Langmuir 24, 12331-12339 (2008).[IF=4.097] 22. M. Machesky, D. Wesolowski, J. Rosenqvist, M. Předota, L. Vlcek, M. Ridley, V. Kohli, Z. Zhang, P. Fenter, P. Cummings, S. Lvov, M. Fedkin, V. Rodriguez-Santiago, J. Kubicki, and A. Bandura: "Comparison of cation adsorption by isostructural rutile and cassiterite", Langmuir 27, 4585–4593 (2011).[IF2010 = 4.269] 23. S. Pařez and M. Předota: “Determination of Distance-dependent Viscosity of Mixtures in Parallel Slabs using Non-equilibrium Molecular Dynamics”, Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 3640-3650 (2012). [IF = 3.829] 24. I. Romancová, Z. Chval and M. Předota: “Influence of the Environment on the Specificity of the Mg(II) Binding to Uracil”, J. Phys. Chem. A 116, 1786−1793 (2012). [IF2010 = 2.732] 25. M. Kabeláč, O. Kroutil, M. Předota, F. Lankaš and M. Šíp: “Influence of a Charged Graphene Surface on the Orientation and Conformation of Covalently Attached Oligonucleotides: A Molecular Dynamics Study”, Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 4217–4229 (2012). [IF = 3.829] 26. D. J. Wesolowski, J. O. Sofo, A. V. Bandura, Z. Zhang, E. Mamontov, M. Předota, N. Kumar, J. D. Kubicki, P. R. C. Kent, L. Vlcek, M. L. Machesky, P. A. Fenter, P. T. Cummings, L. M. Anovitz, A. Skelton, J. Rosenqvist: “Comment on “Structure and Dynamics of Liquid Water on Rutile TiO2(110)””, Phys. Rev. B 85, 167401-5 (2012). [IF = 3.767] 27. M. Lísal, M. Předota and J. K. Brennan: “Molecular-Level Simulations of Chemical Reaction Equilibrium and Diffusion in Slit and Cylindrical Nanopores: Model Dimerization Reactions”, Mol. Sim. 39, 1103–1120, (2013). https://dx.doi.org/10.1080/08927022.2013.797576 [IF = 1.119] 28. M. Předota, M. L. Machesky, D. J. Wesolowski, and P. T. Cummings: “Electric Double Layer at the Rutile (110) Surface. 4. Effect of Temperature and pH on the Adsorption and Dynamics of Ions”, J. Phys. Chem. C 117, 22852-22866 (2013). https://dx.doi.org/10.1021/jp407124p [IF = 4.835] 29. S. Parez, M. Předota, and M. Machesky: “Dielectric Properties of Water at Rutile and Graphite Surfaces: Effect of Molecular Structure”, J. Phys. Chem. C 118, 4818-4834 (2014). https:// dx.doi.org/10.1021/jp4128012 [IF = 4.772] 30. O. Kroutil, Z. Chval, A. A. Skelton, and M. Předota: “Computer Simulations of Quartz (101)–Water Interface over a Range of pH Values”, J. Phys. Chem. C 119, 9274–9286 (2015). https://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcc.5b00096. Supporting info [IF = 4.509] 31. M. L. Machesky, M. Předota, M. K. Ridley, and D. J. Wesolowski: “Constrained Surface Complexation Modeling: Rutile in RbCl, NaCl, and NaCF3SO3 Media to 250 °C”, J. Phys. Chem. C 119, 15204–15215 (2015). https://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcc.5b02841 [IF = 4.509] 32. O. Kroutil, M. Předota, and Z. Chval: “Pt···H Nonclassical Interaction in Water-Dissolved Pt(II) Complexes: Coaction of Electronic Effects with Solvent-Assisted Stabilization”, Inorg. Chem. 55, 3252–3264 (2016). https://dx.doi.org/10.1021/acs.inorgchem.5b02261 [IF = 4.857] 33. M. Předota, M. L. Machesky, D. J. Wesolowski: “Molecular Origins of the Zeta Potential”, Langmuir 32, 10189–10198 (2016). https://dx.doi.org/10.1021/acs.langmuir.6b02493 + Supporting information [IF = 3.789] 34. O. Kroutil, M. Předota, M. Kabeláč: “Force Field Parametrization of Hydrogenoxalate and Oxalate Anions with Scaled Charges”, J. Mol. Model. 23:327 (2017). https://dx.doi.org/10.1007/s00894-017-3490-x + Supplementary material. Free viewing of the manuscript https://rdcu.be/xOyv [IF = 1.507] 35. D. Biriukov, O. Kroutil, M. Předota: “Modeling of the Solid-Liquid Interface using Scaled Charges: Rutile (110) Surfaces”, Physical Chemistry Chemical Physics 20, 23954 - 23966 (2018). https://doi.org/10.1039/C8CP04535F + Supporting information [IF = 3.567] 36. Z. Brkljača, D. Namjesnik, J. Lützenkirchen, M. Předota, and T. Preočanin: “Quartz/Aqueous Electrolyte Solution Interface: Molecular Dynamic Simulation and Interfacial Potential Measurements”, J. Phys. Chem. C 122, 24025-24036 (2018). https:// dx.doi.org/10.1021/acs.jpcc.8b04035 + Supporting information [IF = 4.309] 37. D. Biriukov, O. Kroutil, M. Kabeláč, M. K. Ridley, M. L. Machesky, M. Předota: “Oxalic Acid Adsorption on Rutile: Molecular Dynamics and ab Initio Calculations”, Langmuir 35, 7617-7630 (2019). https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.8b03984 + Supporting information [IF = 3.557] 38. M. L. Machesky, M. K. Ridley, D. Biriukov, O. Kroutil, M. Předota: “Oxalic Acid Adsorption on Rutile: Experiments and Surface Complexation Modeling to 150 °C”, Langmuir 35, 7631-7640 (2019). https://doi.org/10.1021/acs.langmuir.8b03982 + Supporting information (pdf, xlsx) [IF = 3.557] 39. A. Marchioro, M. Bischoff, C. Lütgebaucks, D. Biriukov, M. Předota and S. Roke: “Surface Characterization of Colloidal Silica Nanoparticles by Second Harmonic Scattering: Quantifying the Surface Potential and Interfacial Water Order”, J. Phys. Chem. C 123, 20393−20404 (2019). https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.9b05482 + Supporting information [IF = 4.189] 40. D. Biriukov, P. Fibich, M. Předota: “Zeta Potential Determination from Molecular Simulations”, J. Phys. Chem. C 124, 3159-3170 (2020). https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.9b11371 + Supporting Information [IF = 4.126] 41. M. Bischoff, D. Biriukov, M. Předota, S. Roke, A. Marchioro: “Surface Potential and Interfacial Water Order at the Amorphous TiO2 Nanoparticle/Aqueous Interface”, J. Phys. Chem. C 124, 10961-10974 (2020). https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.0c01158 + Supporting Information [IF = 4.126] 42. M. Předota, D. Biriukov: “Electronic Continuum Correction without Scaled Charges”, J. Mol. Liq. 314, 113571 (2020). https://doi.org/10.1016/j.molliq.2020.113571. [IF =6.165] 43. O. Kroutil, S. Pezzotti, M.-P. Gaigeot, M. Předota: “Phase-Sensitive Vibrational SFG Spectra from Simple Classical Force Fields Molecular Dynamics Simulations”, J. Phys. Chem. C 124, 15253–15263 (2020). https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.0c03576 [IF = 4.126] 44. N. Rampal, H.-W. Wang, D. Biriukov, A. B. Brady, J. C. Neuefeind, M. Předota, A.G. Stack: “Local molecular environment drives speciation and reactivity of ion complexes in concentrated salt solution”, J. Mol. Liq. 340, 116898 (2021). https://doi.org/10.1016/j.molliq.2021.116898 (open access) [IF =6.633] 45. O. Kroutil, V. D. Nguyen, J. Volánek, A. Kučera, M. Předota, V. Vranová: “Clinoptilolite/electrolyte Interface Probed by a Classical Molecular Dynamics Simulations and Batch Adsorption experiments”, Microporous and Mesoporous Materials 328, 111406 (2021), https://doi.org/10.1016/j.micromeso.2021.111406 [IF =5.876] 46. M. Bischoff, D. Biriukov, M. Předota, and A. Marchioro: “Second Harmonic Scattering Reveals Ion-Specific Effects at the SiO2 and TiO2 Nanoparticle/Aqueous Interface”, J. Phys. Chem. C 125, 25261−25274 (2021). https://doi.org/10.1021/acs.jpcc.1c07191 [IF =4.177] 47. D. Biriukov, H.-W. Wang, N. Rampal, C. Tempra, P. Kula, J. C. Neuefeind, A. G. Stack, and M. Předota: “The “Good,” the “bad,” and the “hidden” in neutron scattering and molecular dynamics of ionic aqueous solutions”, J. Chem. Phys. 156, 194505 (2022). https://doi.org/10.1063/5.0093643 [IF =4.400] 48. B. Chu, D. Biriukov, M. Bischoff, M. Předota, S. Roke and A. Marchioro: “Evolution of the Electrical Double Layer with Electrolyte Concentration Probed by Second Harmonic Scattering”, Faraday Discuss. 246, 407-425 (2023). https://doi.org/10.1039/D3FD00036B + SI [IF =3.3] 49. E. Rezlerová, F. Moučka, M. Předota, and M. Lísal: “Structure and self-diffusivity of alkali-halide electrolytes in neutral and charged graphene nanochannels”, Phys. Chem. Chem. Phys. 25, 21579-21594 (2023). https://doi.org/10.1039/D3CP03027J + SI [IF =2.9] 50. R. Akbarzadeh, M. Předota: “ReaxFF Molecular Dynamics of Graphene Oxide/NaCl Aqueous Solution Interfaces”, Phys. Chem. Chem. Phys. 26, 2603-2612 (2024). https://doi.org/10.1039/D3CP04735K + SI [IF2023 =2.9] 51. E. Rezlerová, F. Moučka, M. Předota, and M. Lísal: “Structure and self-diffusivity of mixed-cation electrolytes between neutral and charged graphene sheets”, J. Chem. Phys. 160, 094701 (2024). https://doi.org/10.1063/5.0188104 + SI [IF2022 =4.400] 52. W. L Chen, O. Kroutil, M. Předota, S. Pezzotti, M. P. Gaigeot: “Wetting of a Dynamically Patterned Surface Is a Time-Dependent Matter”, J. Chem. Phys. B 128, 11914-11923 (2024). https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.4c05163 C2 Práce publikované v odborných časopisech vydaných v České republice: 53. M. Předota, I. Nezbeda, and S. Pařez: “Coarse-grained potential for interaction with a spherical colloidal particle and planar wall”, Collect. Czech. Chem. Commun. 75, 527-545 (2010); doi:10.1135/cccc2009542 [IF=0.853] C3 Práce publikované v recenzovaných sbornících vydávaných v zahraničí: 54. D. J. Wesolowski, L. M. Anovitz, P. Benezeth, A. A. Chialvo, D. A. Palmer, P. Fenter, L. Cheng, N. C. Sturchio, Z. Zhang, M. J. Bedzyk, J. D. Kubicki, M. V. Fedkin, S. N. Lvov, D. Sykes, P. T. Cummings, M. K. Ridley, M. L. Machesky, M. Předota, and A. V. Bandura: “Temperature-effects and structure at the rutile-water interface” In: Water-Rock Interaction, pp. 775-780, (Wanty, R. B. and Seal II, R. R. Eds.) Taylor & Francis, London (2004). 55. J. D. Kubicki, A. V. Bandura, M. Předota: “Density functional theory calculations and molecular dynamics simulations to investigate the mineral-water interface” In: Water-Rock Interaction, pp. 955-960, (Wanty, R. B. and Seal II, R. R. Eds.) Taylor & Francis, London (2004). 56. M. Předota, M. L. Machesky, D. J. Wesolowski, and P. T. Cummings: “Hydrogen Bonding at the Rutile (110) Surface - Aqueous Interface”, Advances in Science and Technology (Faenza, Italy), 42, 581-588 (2004). 57. D. J. Wesolowski, M. L. Machesky, M. K. Ridley, D. A. Palmer, Z. Zhang, P. A. Fenter, M. Předota, and P. T. Cummings: “Ion Adsorption on Metal Oxide Surfaces to Hydrothermal Conditions”, ECS Trans. 11, 167-180 (2008). 58. M. L. Machesky, D. J. Wesolowski, M. K. Ridley, D. A. Palmer, J. Rosenqvist, S. Lvov, M. Fedkin, M. Předota, and L. Vlcek: “The Protonation Behavior of Metal Oxide Surfaces to Hydrothermal Conditions” ECS Trans. 11, 151-166 (2008). 59. M. Předota, D.J. Wesolowski, M.L. Machesky, P.T. Cummings: "Molecular dynamics simulations of rutile/aqueous solution interface", Proceedings of the 13th International conference on Water-Rock Interaction Guanajuato, 815-818, (2010) Taylor & Francis Group, London, ISBN 978-0-415-60426-0. C4 Práce publikované v recenzovaných sbornících vydaných v České republice: D. Učební texty M. Šíp, M. Předota, Z. Chval: „Návody k praktickým cvičením z biofyziky“, Jihočeská univerzita, Zdravotně sociální fakulta, 2007 - České Budějovice - 56 s. : il. ; 21 cm. - ISBN 978-80-7040-938-1. E. Ostatní odborné práce Recenze učebních textů: 2005 Přemysl Záškodný: “Přehled základů teoretické fyziky (s aplikací na radiologii)”, Didaktis, Bratislava, ISBN 80-89160-25-5 2007 Ivo Nezbeda: “The art of molecular simulations: From principles to applications”, Univerzita J.E. Purkyně v Ústí nad Labem, Přírodovědecká fakulta, ISBN 978-80-7044-916-5 F. Přehledy a souborné referáty G. Patenty H. Disertační práce Přírodovědecká fakulta Karlovy University v Praze, doktorské studium fyzikální chemie (Ph.D.) Další Informace https://web.prf.jcu.cz/ufy/struktura/lide/predota.html
doc. RNDr. Milan Předota, Ph.D.
Projekty
Publikace
Detail publikace
Autoři
Název publikace
Rok
Druh publikace
Poddruh publikace
Životopis
1971
Narozen v Českých Budějovicích
1990-1995
Mgr., absolvování teoretické fyziky na Matematicko-fyzikální fakultě Univerzity Karlovy v Praze (s vyznamenáním)
Diplomová práce: “Studium růstu povrchů”, vedoucí práce RNDr. Miroslav Kotrla, CSc., Fyzikální ústav AV ČR
1995-1998
Ph.D., doktorské studium na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze, obor fyzikální chemie
Disertační práce: “Water at the level of extended primitive models”, školitel: prof. RNDr. Ivo Nezbeda, DrSc., Ústav chemických procesů AV ČR
2013
doc., habilitační řízení, Matematicko-fyzikální fakulta Karlovy Univerzity v Praze, obor Fyzika – Fyzika molekulárních a biologických struktur. Habilitační práce “Computer simulations of solid-liquid interfaces”
1999-2002
Post-doctoral Research Associate (2001-2002 Senior Research Associate), Department of Chemical Engineering, University of Tennessee, Knoxville, USA
1995-2013
vědecký pracovník, Ústav chemických procesů AV ČR
2003-
Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
2003-2007 Katedra zdravotnické fyziky a biofyziky, Zdravotně sociální fakulta JU, odborný asistent
2008-2013 Katedra fyziky, Přírodovědecká fakulta JU, odborný asistent
2012- Přírodovědecká fakulta JU, proděkan pro vědu
2013- Katedra fyziky (do r. 2018 Katedra fyziky), Přírodovědecká fakulta JU, docent Tvůrčí činnost
Doktorská disertační práce M. Předota: “Water at the level of extended primitive models”, školitel: prof. RNDr. Ivo Nezbeda, DrSc., Ústav chemických procesů AV ČRInformace
Přihlásit se
Branišovská 1645/31a, 370 05 České Budějovice Tel.+420 389 032 191 |
České Budějovice Tel.+420 389 032 191
© Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Cookies
1
-
O nás
-
Realizované projekty
-
Ukončené projekty
-
Připravované projekty
-
Databáze projektů JU
-
DeMinimis
-
HR AWARD
-
Lidé a kontakty
-
Úvodem
-
Studijní programy
-
Ekonomická fakulta
-
Filozofická fakulta
-
Pedagogická fakulta
-
Přírodovědecká fakulta
-
Fakulta rybářství a ochrany vod
-
Teologická fakulta
-
Zdravotně sociální fakulta
-
Fakulta zemědělská a technologická
-
O nás
-
Kontakty
-
Vědecká strategie JU
-
Vědecká rada JU
-
Grantová agentura JU
-
Habilitační a jmenovací řízení
-
Čestné doktoráty
-
Čestné profesury
-
Postdoktorské pozice
-
Mimořádné RVO projekty
-
Etika a integrita výzkumu
-
Vědecká ocenění JU
-
Otevřená věda
-
Transfer znalostí
-
Institucionální odolnost
-
Výzkum a gender
-
Škola doktorských studií
-
Věda a veřejnost
-
Výzkumné infrastruktury
-
EU Desk
-
Hodnocení vědy na JU
-
HR AWARD
-
Odkazy
-
About us
-
Contacts
-
Research strategy
-
USB Scientific Board
-
USB Grant Agency
-
Habilitation and professorsip procedures
-
Honorary doctorates
-
Honorary professorships
-
Postdoc positions
-
Small DRO projects
-
Research ethics and integrity
-
USB Research Awards
-
Open Science
-
Technology Transfer Office
-
Institutional resilience
-
Research and gender
-
School of Doctoral Studies of USB
-
Science and public
-
Research infrastructures
-
EU Desk
-
Research assessment at USB
-
HR AWARD
-
Links