Tato diplomová práce se zabývá druhovým složením sinic z ekosystémů Islandu. Roku 2020 bylo odebráno 42 vzorků z různých islandských biotopů. Druhová diverzita byla stanovena převážně dle morfologických znaků. U některých druhů byly získány sekvence 16S rRNA genu. Morfologické znaky nalezených druhů sinic jsou popsány v práci. Kromě toho lze nalézt i fylogenetickou analýzu druhů, u kterých byla získána 16S rRNA sekvence. Celkově bylo nalezeno 30 druhů sinic rozdělených do čtyř řádů. Dominoval řád Oscillatoriales (33%), následovaný řády Synechococcales (27%), Nostocales (23%) a Chroococcales (17%). Nejdominantnější druh byl Leptolyngbya boryana, který byl nalezen v 17 vzorcích (40%). V diskuzi je následně porovnána biogeografická příslušnost nalezených druhů s dostupnou světovou literaturou.
Anotace v angličtině
This master thesis deals with the species composition of cyanobacteria from Iceland's ecosystems. In 2020, 42 samples were taken from various Icelandic habitats. Species diversity was determined mainly according to morphological features. In some species were obtained sequences of 16S rRNA gene. The morphological features of the found cyanobacterial species are described in the work. In addition, phylogenetic analysis of species for which the 16S rRNA sequence was obtained can be found. A total of 30 species of cyanobacteria divided into four orders were found. The order Oscillatoriales (33%) dominated, followed by the orders Synechococcales (27%), Nostocales (23%) and Chroococcales (17%). The most dominant species was Leptolyngbya boryana, which was found in 17 samples (40%). Finally, the discussion compares the biogeographical affiliation of the found species with the available world literature.
Tato diplomová práce se zabývá druhovým složením sinic z ekosystémů Islandu. Roku 2020 bylo odebráno 42 vzorků z různých islandských biotopů. Druhová diverzita byla stanovena převážně dle morfologických znaků. U některých druhů byly získány sekvence 16S rRNA genu. Morfologické znaky nalezených druhů sinic jsou popsány v práci. Kromě toho lze nalézt i fylogenetickou analýzu druhů, u kterých byla získána 16S rRNA sekvence. Celkově bylo nalezeno 30 druhů sinic rozdělených do čtyř řádů. Dominoval řád Oscillatoriales (33%), následovaný řády Synechococcales (27%), Nostocales (23%) a Chroococcales (17%). Nejdominantnější druh byl Leptolyngbya boryana, který byl nalezen v 17 vzorcích (40%). V diskuzi je následně porovnána biogeografická příslušnost nalezených druhů s dostupnou světovou literaturou.
Anotace v angličtině
This master thesis deals with the species composition of cyanobacteria from Iceland's ecosystems. In 2020, 42 samples were taken from various Icelandic habitats. Species diversity was determined mainly according to morphological features. In some species were obtained sequences of 16S rRNA gene. The morphological features of the found cyanobacterial species are described in the work. In addition, phylogenetic analysis of species for which the 16S rRNA sequence was obtained can be found. A total of 30 species of cyanobacteria divided into four orders were found. The order Oscillatoriales (33%) dominated, followed by the orders Synechococcales (27%), Nostocales (23%) and Chroococcales (17%). The most dominant species was Leptolyngbya boryana, which was found in 17 samples (40%). Finally, the discussion compares the biogeographical affiliation of the found species with the available world literature.
Cílem diplomové práce je zjistit kvalitu (druhové složení) sinic z neporušených ekosystémů Islandu. Účelem sledování je zaznamenat druhové složení akvatických a aerofytních společenstev a zjistit, jaké jsou mezi nimi rozdíly. Student porovná tato dvě odlišná prostředí pomocí optické mikroskopie a "single cell PCR".
Zaměří se primárně na sinice skupin Synechococcales, Nostocales, Oscillatoriacae, Microcoleaceae, Occulateaceae, Trichocoleusaceae a Pseudoanabaenales. Optickou mikroskopií zdokumentuje minimálně 30 přírodních vzorků a podle morfologických znaků určí druhové složení přítomných organismů. Získanou diverzitu vyhodnotí a pokusí se kultivovat sinice skupin, jejichž taxonomická klasifikace je nejasná. Taxonomickou příslušnost sledovaných sinic student dále vyjasní výběrem jednotlivých buněk ze vzorků, provedením PCR a následným sekvenováním jejich 16S rRNA genu. Student provede fylogenetickou analýzu, vyhodnotí biogeografickou příslušnost izolátů a jejich taxonomickou příslušnost.
Získané výsledky dále student srovná s informacemi z dostupné literatury. Diplomová práce tak přinese nové informace o morfologické a genetické variabilitě jednotlivých druhů sinic v rámci dosud neprobádaného regionu a napomůže rozšířit znalosti o celosvětové diverzitě sinicových společenstev.
Zásady pro vypracování
Cílem diplomové práce je zjistit kvalitu (druhové složení) sinic z neporušených ekosystémů Islandu. Účelem sledování je zaznamenat druhové složení akvatických a aerofytních společenstev a zjistit, jaké jsou mezi nimi rozdíly. Student porovná tato dvě odlišná prostředí pomocí optické mikroskopie a "single cell PCR".
Zaměří se primárně na sinice skupin Synechococcales, Nostocales, Oscillatoriacae, Microcoleaceae, Occulateaceae, Trichocoleusaceae a Pseudoanabaenales. Optickou mikroskopií zdokumentuje minimálně 30 přírodních vzorků a podle morfologických znaků určí druhové složení přítomných organismů. Získanou diverzitu vyhodnotí a pokusí se kultivovat sinice skupin, jejichž taxonomická klasifikace je nejasná. Taxonomickou příslušnost sledovaných sinic student dále vyjasní výběrem jednotlivých buněk ze vzorků, provedením PCR a následným sekvenováním jejich 16S rRNA genu. Student provede fylogenetickou analýzu, vyhodnotí biogeografickou příslušnost izolátů a jejich taxonomickou příslušnost.
Získané výsledky dále student srovná s informacemi z dostupné literatury. Diplomová práce tak přinese nové informace o morfologické a genetické variabilitě jednotlivých druhů sinic v rámci dosud neprobádaného regionu a napomůže rozšířit znalosti o celosvětové diverzitě sinicových společenstev.
Seznam doporučené literatury
Anagnostidis K, Komárek J 1988. Modern approach to the classification system of cyanophytes 3 - Oscillatoriales. Algolog. Stud. 50-53: 327-472.328.
Anagnostidis K, Komárek J 1990. Modern approach to the classification system of Cyanophytes 5 - Stigonematales. Archiv fur Hydrobiologie/Algological Studies 59: 1-73.
Allen, M. M. (1984). "Cyanobacterial Cell Inclusions." Annual Review of Microbiology 38(1): 1-25.
Becker, E. W. (2007). "Micro-algae as a source of protein." Biotechnology Advances 25(2): 207-210.
Borowitzka, M. (1997). "Microalgae for aquaculture: Opportunities and constraints." Journal of Applied Phycology 9(5): 393-401.
Casamatta, D. A. and C. E. Wickstrom (2000). "Sensitivity of Two Disjunct Bacterioplankton Communities to Exudates from the Cyanobacterium Microcystis aeruginosa Kutzing." Microb Ecol 40(1): 64-73.
Komárek J, Anagnostidis K. 1998. Cyanoprokaryota 1. Teil: Chroococcales. Jena-Stuttgart-Lübeck-Ulm: Gustav Fischer.
Komárek J, Anagnostidis K. 2005. Cyanoprokaryota -2. Teil/ 2nd Part: Oscillatoriales. Heidelberg: Elsevier/Spektrum.
Leao, P. N., N. Engene, A. Antunes, W. H. Gerwick and V. Vasconcelos (2012). "The chemical ecology of cyanobacteria." Nat Prod Rep 29(3): 372-391.
Piorreck, M., K.-H. Baasch and P. Pohl (1984). "Biomass production, total protein, chlorophylls, lipids and fatty acids of freshwater green and blue-green algae under different nitrogen regimes." Phytochemistry 23(2): 207-216.
Richmond, A. (2004). Handbook of microalgal culture : biotechnology and applied phycology. Oxford, OX, UK ; Ames, Iowa, USA, Blackwell Science.
Richmond, A. and Q. Hu (2013). Handbook of microalgal culture : applied phycology and Biotechnology. Chichester, West Sussex, UK, John Wiley & Sons, Ltd.
Whitton, B. A. (2012). Ecology of cyanobacteria II : their diversity in space and time. New York, Springer.
Whitton, B. A. and M. Potts (2000). "The Ecology of Cyanobacteria: Their Diversity in Time and Space." Kluwer Academic Publishers. Netherlands: 37-59
Willame R, et al. 2006. Morphological and Molecular Characterization of Planktonic Cyanobacteria from Belgium and Luxembourg. Journal of Phycology 42: 1312-1332.
Seznam doporučené literatury
Anagnostidis K, Komárek J 1988. Modern approach to the classification system of cyanophytes 3 - Oscillatoriales. Algolog. Stud. 50-53: 327-472.328.
Anagnostidis K, Komárek J 1990. Modern approach to the classification system of Cyanophytes 5 - Stigonematales. Archiv fur Hydrobiologie/Algological Studies 59: 1-73.
Allen, M. M. (1984). "Cyanobacterial Cell Inclusions." Annual Review of Microbiology 38(1): 1-25.
Becker, E. W. (2007). "Micro-algae as a source of protein." Biotechnology Advances 25(2): 207-210.
Borowitzka, M. (1997). "Microalgae for aquaculture: Opportunities and constraints." Journal of Applied Phycology 9(5): 393-401.
Casamatta, D. A. and C. E. Wickstrom (2000). "Sensitivity of Two Disjunct Bacterioplankton Communities to Exudates from the Cyanobacterium Microcystis aeruginosa Kutzing." Microb Ecol 40(1): 64-73.
Komárek J, Anagnostidis K. 1998. Cyanoprokaryota 1. Teil: Chroococcales. Jena-Stuttgart-Lübeck-Ulm: Gustav Fischer.
Komárek J, Anagnostidis K. 2005. Cyanoprokaryota -2. Teil/ 2nd Part: Oscillatoriales. Heidelberg: Elsevier/Spektrum.
Leao, P. N., N. Engene, A. Antunes, W. H. Gerwick and V. Vasconcelos (2012). "The chemical ecology of cyanobacteria." Nat Prod Rep 29(3): 372-391.
Piorreck, M., K.-H. Baasch and P. Pohl (1984). "Biomass production, total protein, chlorophylls, lipids and fatty acids of freshwater green and blue-green algae under different nitrogen regimes." Phytochemistry 23(2): 207-216.
Richmond, A. (2004). Handbook of microalgal culture : biotechnology and applied phycology. Oxford, OX, UK ; Ames, Iowa, USA, Blackwell Science.
Richmond, A. and Q. Hu (2013). Handbook of microalgal culture : applied phycology and Biotechnology. Chichester, West Sussex, UK, John Wiley & Sons, Ltd.
Whitton, B. A. (2012). Ecology of cyanobacteria II : their diversity in space and time. New York, Springer.
Whitton, B. A. and M. Potts (2000). "The Ecology of Cyanobacteria: Their Diversity in Time and Space." Kluwer Academic Publishers. Netherlands: 37-59
Willame R, et al. 2006. Morphological and Molecular Characterization of Planktonic Cyanobacteria from Belgium and Luxembourg. Journal of Phycology 42: 1312-1332.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
mapy, grafy, tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Student Bc. Martin Svoboda seznámil komisi se svou diplomovou prací. Tajemník komise, doc. Ing. Martin Kocour, Ph.D., seznámil komisi s posudkem vedoucího a oponenta diplomové práce. Následně student zodpověděl doplňující otázky. Proběhla diskuse na téma práce. Student adekvátně a správně reagoval na vznesené dotazy členů komise. Komise se při hodnocení vlastní práce ztotožnila s návrhem oponenta práce, neboť ta vykazovala nedostatky, které komisi vedly k přiklonění se k hodnocení níže.