Hymenoscyphus fraxineus je vřeckovýtrusná patogenní houba způsobující nekrózu
jasanů po celé Evropě, šířící se převážně vzduchem za pomoci askospor. Cílem práce bylo kvantifikovat výskyt spor H. fraxineus v různých výškách nad zdrojem infekce. Z těchto výsledků následně zvážit potenciál inokula této patogenní houby v šíření na větší vzdálenosti pomocí vzdušných proudů. K detekci a kvantifikaci koncentrace DNA spor byla použita metoda qPCR. Na základě statistické analýzy získaných molekulárních dat byla prokázána závislost výskytu rozdílného množství spor H. fraxineus na výšce. Hlavním přínosem této práce je zmapování dosahu šíření patogenu H. fraxineus ve vzduchovém sloupci, což přímo souvisí i s doletem spor do větších vzdáleností.
Anotace v angličtině
Hymenoscyphus fraxineus is a pathogenic sac fungus causing ash tree necrosis
throughout Europe, spreading predominantly through the air using ascospores. The aim of this thesis was to quantitatively describe the occurrence of spores of the causative agent of ash trees necrosis at different heights above the source of infection. The results were subsequently used to consider the inoculum potential of this pathogenic fungus for longer distance spreading using air currents. The qPCR method was used for the detection and quantification of DNA concentration. Based on a statistical analysis of the obtained molecular data a dependence of the occurrence of different amounts of H. fraxineus on height was proved. The main contribution of this
thesis lies in charting the range of the H. fraxineus pathogen spread in the air column
which is directly related to the range of spores to greater distances.
Klíčová slova
Nekróza jasanů, Jasan ztepilý, Fraxinus excelsior, qPCR, lapač spór
Klíčová slova v angličtině
ash dieback, European ash, Fraxinus excelsior, qPCR, spore trap
Rozsah průvodní práce
68
Jazyk
CZ
Anotace
Hymenoscyphus fraxineus je vřeckovýtrusná patogenní houba způsobující nekrózu
jasanů po celé Evropě, šířící se převážně vzduchem za pomoci askospor. Cílem práce bylo kvantifikovat výskyt spor H. fraxineus v různých výškách nad zdrojem infekce. Z těchto výsledků následně zvážit potenciál inokula této patogenní houby v šíření na větší vzdálenosti pomocí vzdušných proudů. K detekci a kvantifikaci koncentrace DNA spor byla použita metoda qPCR. Na základě statistické analýzy získaných molekulárních dat byla prokázána závislost výskytu rozdílného množství spor H. fraxineus na výšce. Hlavním přínosem této práce je zmapování dosahu šíření patogenu H. fraxineus ve vzduchovém sloupci, což přímo souvisí i s doletem spor do větších vzdáleností.
Anotace v angličtině
Hymenoscyphus fraxineus is a pathogenic sac fungus causing ash tree necrosis
throughout Europe, spreading predominantly through the air using ascospores. The aim of this thesis was to quantitatively describe the occurrence of spores of the causative agent of ash trees necrosis at different heights above the source of infection. The results were subsequently used to consider the inoculum potential of this pathogenic fungus for longer distance spreading using air currents. The qPCR method was used for the detection and quantification of DNA concentration. Based on a statistical analysis of the obtained molecular data a dependence of the occurrence of different amounts of H. fraxineus on height was proved. The main contribution of this
thesis lies in charting the range of the H. fraxineus pathogen spread in the air column
which is directly related to the range of spores to greater distances.
Klíčová slova
Nekróza jasanů, Jasan ztepilý, Fraxinus excelsior, qPCR, lapač spór
Klíčová slova v angličtině
ash dieback, European ash, Fraxinus excelsior, qPCR, spore trap
Zásady pro vypracování
Kvantitativně popsat výskyt spór původce nekrózy jasanů v různých výškách nad zdrojem infekce.
Zvážit potenciál inokula této patogenní houby v šíření na větší vzdálenosti pomocí vzdušných proudů.
Zásady vypracování:
V literárním přehledu autor uvede základní fakta o patogenu H. fraxineus (taxonomické zařazení, historie šíření u nás i ve světě, životní cyklus, symptomy a hostitelské spektrum) a šířeji rozvede způsob šíření
tohoto patogenu včetně biotických a abiotických faktorů, které k němu přispívají.
Metodiku experimentu bude autor optimalizovat v úzké spolupráci s vedoucím práce (konzultantem). Během jedné sezóny bude autor po dobu výskytu apothecií H. f. v pravidelných intervalech vzorkovat
ovzduší pomocí rotačních lapačů spór (ROTTRAP). Vzorkování budou prováděna současně v několika výškách na výškové budově (sila) v Boršově nad Vltavou. Autor bude bezpodmínečně dodržovat pravidla bezpečnosti práce.
Kvantifikaci vzorků autor provede pomocí extrakce DNA a kvantitativní PCR.
Výsledky budou podány ve srozumitelné grafické formě a budou podepřeny statistickou analýzou dat.
Diskuze bude směřována ke srovnání s dosavadní literaturou týkající se šíření inokula původce nekrózy jasanů, případně obdobných fytopatogenních hub.
V závěru práce autor shrne poznatky svých výsledků a vyvodí z nich závěry mj. např. o dopadu šíření inokula na lokální ekosystém.
Zásady pro vypracování
Kvantitativně popsat výskyt spór původce nekrózy jasanů v různých výškách nad zdrojem infekce.
Zvážit potenciál inokula této patogenní houby v šíření na větší vzdálenosti pomocí vzdušných proudů.
Zásady vypracování:
V literárním přehledu autor uvede základní fakta o patogenu H. fraxineus (taxonomické zařazení, historie šíření u nás i ve světě, životní cyklus, symptomy a hostitelské spektrum) a šířeji rozvede způsob šíření
tohoto patogenu včetně biotických a abiotických faktorů, které k němu přispívají.
Metodiku experimentu bude autor optimalizovat v úzké spolupráci s vedoucím práce (konzultantem). Během jedné sezóny bude autor po dobu výskytu apothecií H. f. v pravidelných intervalech vzorkovat
ovzduší pomocí rotačních lapačů spór (ROTTRAP). Vzorkování budou prováděna současně v několika výškách na výškové budově (sila) v Boršově nad Vltavou. Autor bude bezpodmínečně dodržovat pravidla bezpečnosti práce.
Kvantifikaci vzorků autor provede pomocí extrakce DNA a kvantitativní PCR.
Výsledky budou podány ve srozumitelné grafické formě a budou podepřeny statistickou analýzou dat.
Diskuze bude směřována ke srovnání s dosavadní literaturou týkající se šíření inokula původce nekrózy jasanů, případně obdobných fytopatogenních hub.
V závěru práce autor shrne poznatky svých výsledků a vyvodí z nich závěry mj. např. o dopadu šíření inokula na lokální ekosystém.
Seznam doporučené literatury
LACEY, M.; WEST, J.: The air spora: a manual for catching and identifying airborne biological particles. Dordrecht: Springer, 2006. 156 s. ISBN 978-0-387-30252-2.
DVOŘÁK, M.; ROTKOVÁ, G.; BOTELLA SÁNCHEZ, L.: Detection of airborne inoculum of Hymenoscyphus fraxineus and H. albidus during seasonal fluctuations associated with absence of apothecia. Forests.
2016. sv. 7, č. 1, ISSN 1999-4907.
CHANDELIER, A.; HELSON, M.; DVOŘÁK, M.; GISCHER, F.: Detection and quantification of airborne inoculum of Hymenoscyphus pseudoalbidus using real-time PCR assays. Plant Pathology. 2014. sv. 63, č. 6, s. 1296--1305.
ISSN 0032-0862.
URL: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ppa.12218/abstract
Seznam doporučené literatury
LACEY, M.; WEST, J.: The air spora: a manual for catching and identifying airborne biological particles. Dordrecht: Springer, 2006. 156 s. ISBN 978-0-387-30252-2.
DVOŘÁK, M.; ROTKOVÁ, G.; BOTELLA SÁNCHEZ, L.: Detection of airborne inoculum of Hymenoscyphus fraxineus and H. albidus during seasonal fluctuations associated with absence of apothecia. Forests.
2016. sv. 7, č. 1, ISSN 1999-4907.
CHANDELIER, A.; HELSON, M.; DVOŘÁK, M.; GISCHER, F.: Detection and quantification of airborne inoculum of Hymenoscyphus pseudoalbidus using real-time PCR assays. Plant Pathology. 2014. sv. 63, č. 6, s. 1296--1305.
ISSN 0032-0862.
URL: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ppa.12218/abstract