Předkládaná práce se zabývá vyšetřováním hemokultur z interních oddělení Nemocnice Tábor, a.s. V teoretické části jsou představeny nejdůležitější pojmy vztahující se k tématu infekcí krevního řečiště a sepse. Pozornost je také zaměřena na důležitý projekt v rámci Evropy EARS-Net.
V praktické části je popsán postup laboratorního vyšetření hemokultur ve všech jeho fázích (preanalytická, analytická, postanalytická) včetně postupu prací v případě pozitivity vzorku. Dále práce hodnotí data o hemokulturách odebraných na interních odděleních Nemocnice Tábor, a.s. za rok 2018, přičemž stanovuje incidenci gramnegativních bakterií u pozitivních vzorků a snaží se postihnout rozdíly mezi skupinami komunitních a hospitalizovaných pacientů. Posledním bodem je pak poskytnutí přehledu o rezistenci k antibiotikům u nejčastěji zachycených gramnegativních tyčinek včetně srovnání s daty z EARS-Net (průměr za interní oddělení v Česku).
Za rok 2018 bylo vyhodnoceno jako pozitivní celkem 527 hemokultivačních lahviček. Po odstranění duplicit a kontaminací bylo k další analýze použito celkem 267 pozitivních lahviček, ze kterých bylo vykultivováno celkem 97 kmenů gramnegativních tyčinek. Mezi nejčastěji zachycené gramnegativními bakteriálními druhy v pozitivních vzorcích patřily Escherichia coli (48,5 %) a Klebsiella pneumoniae (22,7 %). Rozdíly mezi skupinami komunitních a hospitalizovaných pacientů byly zachyceny pouze u kmene Klebsiella pneumoniae, výrazněji se však spektrum patogenů nelišilo. Při zhodnocení míry rezistence dvou nejčastěji zastoupených bakteriálních druhů je i ve srovnání s daty s EARS-Net (průměr za interní oddělení v Česku) znepokojující vyšší frekvence výskytu kmenů druhu Klebsiella pneumoniae rezistentních k cefalosporinům třetí generace a ciprofloxacinu.
Anotace v angličtině
The thesis describes blood culture testing at internal medicine departments of Nemocnice Tábor, a.s. (Tábor Hospital). The theoretical part presents the most important terms related to infections of the bloodstream and sepsis. EARS-Net, an important European project is also mentioned.
The practical part describes blood culture laboratory process in all phases (preanalytical, analytical and post-analytical) including the steps taken when a sample is positive. Furthermore, the study evaluates data on blood cultures done at internal medicine departments of Nemocnice Tábor, a.s. in 2018, determining the incidence of gram-negative bacteria in positive samples and seeking to describe the differences between community and hospitalised patient groups. Finally, the study also gives an overview of antibiotic resistance in the most commonly detected gram-negative rods including a comparison to EARS-Net data (mean value for internal medicine departments in the Czech Republic).
In total, 527 blood culture vials were tested as positive in 2018. A total of 267 positive vials were analysed further after the removal of duplicities and contaminations; a total of 97 strains of gram-negative rods were cultured from the vials. The most commonly detected gram-negative bacterial strains found in positive samples included Escherichia coli (48.5%) and Klebsiella pneumoniae (22.7%). Differences between community and hospitalised patient groups were found only for Klebsiella pneumoniae; however, the pathogens spectra in both groups were not distinctively different. In terms of resistance assessment in the two most common bacterial strains, a higher frequency of incidence of Klebsiella pneumoniae strains resistant to third generation cephalosporins and ciprofloxacin is alarming, also in comparison to EARS-Net data (mean value for internal medicine departments in the Czech Republic).
Předkládaná práce se zabývá vyšetřováním hemokultur z interních oddělení Nemocnice Tábor, a.s. V teoretické části jsou představeny nejdůležitější pojmy vztahující se k tématu infekcí krevního řečiště a sepse. Pozornost je také zaměřena na důležitý projekt v rámci Evropy EARS-Net.
V praktické části je popsán postup laboratorního vyšetření hemokultur ve všech jeho fázích (preanalytická, analytická, postanalytická) včetně postupu prací v případě pozitivity vzorku. Dále práce hodnotí data o hemokulturách odebraných na interních odděleních Nemocnice Tábor, a.s. za rok 2018, přičemž stanovuje incidenci gramnegativních bakterií u pozitivních vzorků a snaží se postihnout rozdíly mezi skupinami komunitních a hospitalizovaných pacientů. Posledním bodem je pak poskytnutí přehledu o rezistenci k antibiotikům u nejčastěji zachycených gramnegativních tyčinek včetně srovnání s daty z EARS-Net (průměr za interní oddělení v Česku).
Za rok 2018 bylo vyhodnoceno jako pozitivní celkem 527 hemokultivačních lahviček. Po odstranění duplicit a kontaminací bylo k další analýze použito celkem 267 pozitivních lahviček, ze kterých bylo vykultivováno celkem 97 kmenů gramnegativních tyčinek. Mezi nejčastěji zachycené gramnegativními bakteriálními druhy v pozitivních vzorcích patřily Escherichia coli (48,5 %) a Klebsiella pneumoniae (22,7 %). Rozdíly mezi skupinami komunitních a hospitalizovaných pacientů byly zachyceny pouze u kmene Klebsiella pneumoniae, výrazněji se však spektrum patogenů nelišilo. Při zhodnocení míry rezistence dvou nejčastěji zastoupených bakteriálních druhů je i ve srovnání s daty s EARS-Net (průměr za interní oddělení v Česku) znepokojující vyšší frekvence výskytu kmenů druhu Klebsiella pneumoniae rezistentních k cefalosporinům třetí generace a ciprofloxacinu.
Anotace v angličtině
The thesis describes blood culture testing at internal medicine departments of Nemocnice Tábor, a.s. (Tábor Hospital). The theoretical part presents the most important terms related to infections of the bloodstream and sepsis. EARS-Net, an important European project is also mentioned.
The practical part describes blood culture laboratory process in all phases (preanalytical, analytical and post-analytical) including the steps taken when a sample is positive. Furthermore, the study evaluates data on blood cultures done at internal medicine departments of Nemocnice Tábor, a.s. in 2018, determining the incidence of gram-negative bacteria in positive samples and seeking to describe the differences between community and hospitalised patient groups. Finally, the study also gives an overview of antibiotic resistance in the most commonly detected gram-negative rods including a comparison to EARS-Net data (mean value for internal medicine departments in the Czech Republic).
In total, 527 blood culture vials were tested as positive in 2018. A total of 267 positive vials were analysed further after the removal of duplicities and contaminations; a total of 97 strains of gram-negative rods were cultured from the vials. The most commonly detected gram-negative bacterial strains found in positive samples included Escherichia coli (48.5%) and Klebsiella pneumoniae (22.7%). Differences between community and hospitalised patient groups were found only for Klebsiella pneumoniae; however, the pathogens spectra in both groups were not distinctively different. In terms of resistance assessment in the two most common bacterial strains, a higher frequency of incidence of Klebsiella pneumoniae strains resistant to third generation cephalosporins and ciprofloxacin is alarming, also in comparison to EARS-Net data (mean value for internal medicine departments in the Czech Republic).
1.Současný stav
Sepse patří k velice závažným stavům, pro jejichž léčbu je důležitá včasná a správná diagnostika jejich původce. Kultivace hemokultur a následná diagnostika pozitivních vzorků jsou pak významnou součástí každodenní rutiny většiny mikrobiologických laboratoří nemocničních zařízení v Česku. Gramnegativní bakterie přitom zůstávají na předních místech žebříčků zjištěných původců sepsí. Jejich citlivost na antibiotika je mimo jiné také analyzována a vyhodnocována už od roku 1999 v rámci projektu EARS-Net (The European Antimicrobial Resistance Surveillance Network), neboť možné rezistence bakterií představují hrozbu od lokální až po mezinárodní úroveň.
2.Cíle práce
Cíl 1) Zhodnotit data o hemokulturách z interních oddělení Nemocnice Tábor, a.s. zpracovaných na oddělení mikrobiologie v období 08/2017 - 07/2018 (spektrum gramnegativních patogenů, rozdíly pacienti nemocnice vs.komunita).
Cíl 2) Zaměřit se na gramnegativní tyčky, vyhodnotit jejich citlivosti na antibiotika a porovnat je s daty z EARS-Net (European Antimicrobial Resistance Surveillance Network).
Práce se bude snažit potvrdit či vyvrátit následující hypotézy vztahující se k výše uvedeným cílům:
Ad cíl 1) Nejčastěji zjištěné gramnegativní patogeny z hemokultur jsou v Nemocnici Tábor, a.s. stejné jako jsou ty uváděné v odborné literatuře.
Ad cíl 1) Spektrum gramnegativních patogenů zjištěných v hemokulturách z komunity a v hemokulturách z nemocnice se liší.
Ad cíl 2) Citlivosti zjištěných gramnegativních tyček nevykazují významné rozdíly oproti datům z EARS-Net
3.Metodika
V práci bude uveden postup odběru a zpracování hemokultur (BACT/Alert) včetně následného postupu diagnostikování patogenů v pozitivních vzorcích (použití kultivačních půd, hmotnostní spektrometrie) a stanovení jejich citlivostí (kvalitativní a kvantitativní určování citlivostí). Bude také upozorněno na možné chyby v preanalytické fázi a na vliv těchto chyb na správnost výsledku.
Budou zhodnoceny vzorky hemokultur z interních oddělení Nemocnice Tábor, a.s. doručených ke zpracování do mikrobiologické laboratoře téže nemocnice v období 08/2017 až 07/2018. Z dat bude vypracována statistika, ze které se následně zjistí spektrum gramnegativních tyček v pozitivních vzorcích a porovnají se také rozdíly v datech komunita vs.pacienti nemocnice. U zjištěných gramnegativních tyček se vyhodnotí také citlivost na antibiotika. Ta bude následně porovnána s daty z EARS-Net.
4.Výstup pro praxi
Zjištěné výsledky práce budou použity hlavně pro interní účely mikrobiologického oddělení Nemocnice Tábor, a.s. (přehled o nejčastějších gramnegativních patogenech + přehled současného stavu rezistence gramnegativních tyčinek vůči antibiotikům na interních odděleních v Nemocnici Tábor, a.s.).
Zásady pro vypracování
1.Současný stav
Sepse patří k velice závažným stavům, pro jejichž léčbu je důležitá včasná a správná diagnostika jejich původce. Kultivace hemokultur a následná diagnostika pozitivních vzorků jsou pak významnou součástí každodenní rutiny většiny mikrobiologických laboratoří nemocničních zařízení v Česku. Gramnegativní bakterie přitom zůstávají na předních místech žebříčků zjištěných původců sepsí. Jejich citlivost na antibiotika je mimo jiné také analyzována a vyhodnocována už od roku 1999 v rámci projektu EARS-Net (The European Antimicrobial Resistance Surveillance Network), neboť možné rezistence bakterií představují hrozbu od lokální až po mezinárodní úroveň.
2.Cíle práce
Cíl 1) Zhodnotit data o hemokulturách z interních oddělení Nemocnice Tábor, a.s. zpracovaných na oddělení mikrobiologie v období 08/2017 - 07/2018 (spektrum gramnegativních patogenů, rozdíly pacienti nemocnice vs.komunita).
Cíl 2) Zaměřit se na gramnegativní tyčky, vyhodnotit jejich citlivosti na antibiotika a porovnat je s daty z EARS-Net (European Antimicrobial Resistance Surveillance Network).
Práce se bude snažit potvrdit či vyvrátit následující hypotézy vztahující se k výše uvedeným cílům:
Ad cíl 1) Nejčastěji zjištěné gramnegativní patogeny z hemokultur jsou v Nemocnici Tábor, a.s. stejné jako jsou ty uváděné v odborné literatuře.
Ad cíl 1) Spektrum gramnegativních patogenů zjištěných v hemokulturách z komunity a v hemokulturách z nemocnice se liší.
Ad cíl 2) Citlivosti zjištěných gramnegativních tyček nevykazují významné rozdíly oproti datům z EARS-Net
3.Metodika
V práci bude uveden postup odběru a zpracování hemokultur (BACT/Alert) včetně následného postupu diagnostikování patogenů v pozitivních vzorcích (použití kultivačních půd, hmotnostní spektrometrie) a stanovení jejich citlivostí (kvalitativní a kvantitativní určování citlivostí). Bude také upozorněno na možné chyby v preanalytické fázi a na vliv těchto chyb na správnost výsledku.
Budou zhodnoceny vzorky hemokultur z interních oddělení Nemocnice Tábor, a.s. doručených ke zpracování do mikrobiologické laboratoře téže nemocnice v období 08/2017 až 07/2018. Z dat bude vypracována statistika, ze které se následně zjistí spektrum gramnegativních tyček v pozitivních vzorcích a porovnají se také rozdíly v datech komunita vs.pacienti nemocnice. U zjištěných gramnegativních tyček se vyhodnotí také citlivost na antibiotika. Ta bude následně porovnána s daty z EARS-Net.
4.Výstup pro praxi
Zjištěné výsledky práce budou použity hlavně pro interní účely mikrobiologického oddělení Nemocnice Tábor, a.s. (přehled o nejčastějších gramnegativních patogenech + přehled současného stavu rezistence gramnegativních tyčinek vůči antibiotikům na interních odděleních v Nemocnici Tábor, a.s.).
Seznam doporučené literatury
ČERMÁK, P., 2008. Mikrobiologická diagnostika infekcí krevního řečiště. Praha: Maxdorf-Jessenius. 182 s. ISBN 978-80-7345-142-4.
KOLÁŘ, M., LÁTAL, T., ČERMÁK, P., 2002. Frekvence gramnegativních patogenů u infekcí krevního řečiště a jejich rezistence k antibiotikům v České republice. Klinická mikrobiologie a infekční lékařství. 8(2), 61-7. ISSN 1211-264X.
VANDEPITTE, J., VERHAEGEN, J., ENGBAEK, K., ROHNER, P., PIOT, P., HEUCK, C.C.,2003. Basic laboratory procedures in clinical bacteriology. 2nd ed. Geneva: World Health Organization. 167 s. ISBN 92-4-154545-3.
VOTAVA, M., 2003. Lékařská mikrobiologie speciální. Brno: Neptun. 495 s. ISBN 80-902896-6-5.
VOTAVA, M., 2010. Lékařská mikrobiologie vyšetřovací metody. Brno: Neptun. 504 s. ISBN 978-80-86850-04-7.
Seznam doporučené literatury
ČERMÁK, P., 2008. Mikrobiologická diagnostika infekcí krevního řečiště. Praha: Maxdorf-Jessenius. 182 s. ISBN 978-80-7345-142-4.
KOLÁŘ, M., LÁTAL, T., ČERMÁK, P., 2002. Frekvence gramnegativních patogenů u infekcí krevního řečiště a jejich rezistence k antibiotikům v České republice. Klinická mikrobiologie a infekční lékařství. 8(2), 61-7. ISSN 1211-264X.
VANDEPITTE, J., VERHAEGEN, J., ENGBAEK, K., ROHNER, P., PIOT, P., HEUCK, C.C.,2003. Basic laboratory procedures in clinical bacteriology. 2nd ed. Geneva: World Health Organization. 167 s. ISBN 92-4-154545-3.
VOTAVA, M., 2003. Lékařská mikrobiologie speciální. Brno: Neptun. 495 s. ISBN 80-902896-6-5.
VOTAVA, M., 2010. Lékařská mikrobiologie vyšetřovací metody. Brno: Neptun. 504 s. ISBN 978-80-86850-04-7.