Tato bakalářská práce se zabývá vývojem nové diagnostické metody na stanovení bakterie Candidatus Neoehrlichia mikurensis v klíšťatech. Nová metoda byla vyvinuta na základě nedostupnosti vhodné diagnostické metody N. mikurensis, a také z důvodu nedostatečně přesných údajů o promořenosti klíšťat patogenem Candidatus Neoehrlichia mikurensis v odborné literatuře. V teoretické části se zabývám obecnými informacemi o klíšťatech a jimi přenášenými chorobami, které mohou být bakteriálního, virového či protozoálního původu. Onemocnění, která jsou v této práci popsána, jsou borelióza, klíšťová encefalitida, ehrlichióza, bartonelóza, tularémie a babesióza. Zvláštní pozornost je věnována nově detekovanému původci neoehrlichiózy. Při vývoji nové diagnostické metody bylo využito velké množství laboratorních technik, jako je polymerázová řetězová reakce (PCR), klonování, sekvenování a elektroforéza v agarózovém gelu (ELFO). Tyto metody jsou doplněny velkým množstvím rozdílných laboratorních postupů, jako je izolace DNA, minipreparace plazmidové DNA, přečištění DNA z gelu a příprava bakteriálního zásobního roztoku. Statistické vyhodnocení bylo provedeno na základě analýzy směsných vzorků po 10 klíšťatech, pomocí metody PCR. Testování proběhlo celkem z 1390 klíšťat v průběhu roku 2018.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis focuses on the development of a new diagnostic method for the detection of Candidatus Neoehrlichia mikurensis in ticks. The new method was developed based on the unavailability of a suitable diagnostic method of N. mikurensis as well as the lack of accurate data about infection frequency of ticks by the pathogen Candidatus Neoehrlichia mikurensis in the scientific literature. In the theoretical part, I deal with general information about ticks and their transmitted diseases, which can be bacterial, viral or protozoal. The diseases described in my bachelor thesis are borreliosis, tick-borne encephalitis, ehrlichiosis, bartonellosis, tularemia and babesiosis. Special attention is dedicated to newly detected causative agents of neoehrlichiosis. Various type of techniques have been used during the development of the new diagnostic method, such as polymerase-chain-reaction (PCR), cloning, sequencing and agarose gel electrophoresis (ELFO). These methods are complemented by a large number of different laboratory procedures, such as DNA isolation, minipreparation of plasmid DNA, gel purification of DNA, and bacterial stock solution preparation. Statistical evaluation was performed based on the analysis of mixed samples of 10 ticks, using the PCR method. A total of 1 390 ticks were tested during 2018.
Tato bakalářská práce se zabývá vývojem nové diagnostické metody na stanovení bakterie Candidatus Neoehrlichia mikurensis v klíšťatech. Nová metoda byla vyvinuta na základě nedostupnosti vhodné diagnostické metody N. mikurensis, a také z důvodu nedostatečně přesných údajů o promořenosti klíšťat patogenem Candidatus Neoehrlichia mikurensis v odborné literatuře. V teoretické části se zabývám obecnými informacemi o klíšťatech a jimi přenášenými chorobami, které mohou být bakteriálního, virového či protozoálního původu. Onemocnění, která jsou v této práci popsána, jsou borelióza, klíšťová encefalitida, ehrlichióza, bartonelóza, tularémie a babesióza. Zvláštní pozornost je věnována nově detekovanému původci neoehrlichiózy. Při vývoji nové diagnostické metody bylo využito velké množství laboratorních technik, jako je polymerázová řetězová reakce (PCR), klonování, sekvenování a elektroforéza v agarózovém gelu (ELFO). Tyto metody jsou doplněny velkým množstvím rozdílných laboratorních postupů, jako je izolace DNA, minipreparace plazmidové DNA, přečištění DNA z gelu a příprava bakteriálního zásobního roztoku. Statistické vyhodnocení bylo provedeno na základě analýzy směsných vzorků po 10 klíšťatech, pomocí metody PCR. Testování proběhlo celkem z 1390 klíšťat v průběhu roku 2018.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis focuses on the development of a new diagnostic method for the detection of Candidatus Neoehrlichia mikurensis in ticks. The new method was developed based on the unavailability of a suitable diagnostic method of N. mikurensis as well as the lack of accurate data about infection frequency of ticks by the pathogen Candidatus Neoehrlichia mikurensis in the scientific literature. In the theoretical part, I deal with general information about ticks and their transmitted diseases, which can be bacterial, viral or protozoal. The diseases described in my bachelor thesis are borreliosis, tick-borne encephalitis, ehrlichiosis, bartonellosis, tularemia and babesiosis. Special attention is dedicated to newly detected causative agents of neoehrlichiosis. Various type of techniques have been used during the development of the new diagnostic method, such as polymerase-chain-reaction (PCR), cloning, sequencing and agarose gel electrophoresis (ELFO). These methods are complemented by a large number of different laboratory procedures, such as DNA isolation, minipreparation of plasmid DNA, gel purification of DNA, and bacterial stock solution preparation. Statistical evaluation was performed based on the analysis of mixed samples of 10 ticks, using the PCR method. A total of 1 390 ticks were tested during 2018.
1. Současný stav:
Candidatus Neoehrlichia mikurensis je nový patogen přenášený klíšťaty, který způsobuje infekční onemocnění nazývané neoehrlichióza. Objeven byl v roce 2004 na japonském ostrově Mikura. Podle předběžné statistiky se promořenost v Evropě pohybuje mezi 0,1-24,3 %. Tato práce se bude zabývat vývojem nového diagnostického postupu detekce C. Neoehrlichia mikurensis přímo v klíšťatech pomocí metody PCR. V roce 2018 bude pomocí nové metody probíhat monitoring promořenosti klíšťat tímto patogenem na území ČR.
2. Metodika:
Experimentální část je prováděna pomocí PCR, sekvenace a klonování DNA C. Neoehrlichia mikurensis z klíšťat. Následně bude provedena statistická analýza výsledků pro přesnější stanovení promořenosti klíšťat tímto patogenem.
3. Cíle práce:
1. Vývoj diagnostického postupu pro stanovení C. Neoehrlichie mikurensis pomocí PCR.
2. Testování klíšťat v ČR na C. Neoehrlichii mikurensis.
3. Statistika výskytu C. Neoehrlichii mikurensis na území ČR v roce 2018.
Zásady pro vypracování
1. Současný stav:
Candidatus Neoehrlichia mikurensis je nový patogen přenášený klíšťaty, který způsobuje infekční onemocnění nazývané neoehrlichióza. Objeven byl v roce 2004 na japonském ostrově Mikura. Podle předběžné statistiky se promořenost v Evropě pohybuje mezi 0,1-24,3 %. Tato práce se bude zabývat vývojem nového diagnostického postupu detekce C. Neoehrlichia mikurensis přímo v klíšťatech pomocí metody PCR. V roce 2018 bude pomocí nové metody probíhat monitoring promořenosti klíšťat tímto patogenem na území ČR.
2. Metodika:
Experimentální část je prováděna pomocí PCR, sekvenace a klonování DNA C. Neoehrlichia mikurensis z klíšťat. Následně bude provedena statistická analýza výsledků pro přesnější stanovení promořenosti klíšťat tímto patogenem.
3. Cíle práce:
1. Vývoj diagnostického postupu pro stanovení C. Neoehrlichie mikurensis pomocí PCR.
2. Testování klíšťat v ČR na C. Neoehrlichii mikurensis.
3. Statistika výskytu C. Neoehrlichii mikurensis na území ČR v roce 2018.
Seznam doporučené literatury
SILAGHI, C., BECK, R., OTEO, J.A., et al., 2016. Neoehrlichiosis: an emerging tick-born zoonosis caused by Candidatus Neoehrlihia mikurensis.Exp Appl Acarol.(68)3, 279-97. ISSN 1572-9702.
PORTILLO, A., SANNTIBANEZ, P., PALOMAR, A.M., SANTIBANEZ, S., OTEO, J.A., 2018. ´Candidatus Neoehrlichia mikurensis´in Europe.New Microbes and New Infections.22, 30-36, doi:10.1016/j.nmni.2017.12.011
GRANKVIST, A., ANDERSSON, PO., MATTSSON, M., SENDER, M., VAHT, K., HOPER, L., SAKINIENE, E., TRYSBERG, E., STENSON, M., FEHR J., PEKOVA S., BOGDAN, C., BLOEMBERG, G., WENNERAS, C., 2014.Infection with the tick-borne bacterium "Candidatus Neoehrlichia mikurensis" mimic noninfectious conditions in patiens with B cell malignancies or autoimmune diseases.Clinical Infectious Diseases.58(12), 1716-22, doi:10.1093/cid/ciu189.
DEDRÁKOVÁ, M., VÁCLA, R., PANGRÁCOVA-BLAŇÁROVÁ, L., SELYEMOVÁ, D., KOČI, J., WALDER, G., ŠPITALSKÁ, E., 2014.Candidatus Neoehrlichia mikurensis and its co-circulation with Anaplasma phagocytophilum in Ixodes ricinus ticks across ecologically different habitats od Central Europe.Parasites and Vectors.7(160), doi:10.1186/1756-3305-7-160
VENCLÍKOVÁ, K., MENDEL, J., BETÁŠOVÁ, L., BLAŽEJKOVÁ, H., JEDLIČKOVÁ, P., STRAKOVÁ, P., HUBÁLEK, Z., RUDOLF, I., 2016.Neglected tick-born pathogens in the Czech Republic, 2011-2014.Ticks and Tick-borne Diseases .7(1), 107-112, doi:10.1016/j.ttbdis.2015.09.004.
Seznam doporučené literatury
SILAGHI, C., BECK, R., OTEO, J.A., et al., 2016. Neoehrlichiosis: an emerging tick-born zoonosis caused by Candidatus Neoehrlihia mikurensis.Exp Appl Acarol.(68)3, 279-97. ISSN 1572-9702.
PORTILLO, A., SANNTIBANEZ, P., PALOMAR, A.M., SANTIBANEZ, S., OTEO, J.A., 2018. ´Candidatus Neoehrlichia mikurensis´in Europe.New Microbes and New Infections.22, 30-36, doi:10.1016/j.nmni.2017.12.011
GRANKVIST, A., ANDERSSON, PO., MATTSSON, M., SENDER, M., VAHT, K., HOPER, L., SAKINIENE, E., TRYSBERG, E., STENSON, M., FEHR J., PEKOVA S., BOGDAN, C., BLOEMBERG, G., WENNERAS, C., 2014.Infection with the tick-borne bacterium "Candidatus Neoehrlichia mikurensis" mimic noninfectious conditions in patiens with B cell malignancies or autoimmune diseases.Clinical Infectious Diseases.58(12), 1716-22, doi:10.1093/cid/ciu189.
DEDRÁKOVÁ, M., VÁCLA, R., PANGRÁCOVA-BLAŇÁROVÁ, L., SELYEMOVÁ, D., KOČI, J., WALDER, G., ŠPITALSKÁ, E., 2014.Candidatus Neoehrlichia mikurensis and its co-circulation with Anaplasma phagocytophilum in Ixodes ricinus ticks across ecologically different habitats od Central Europe.Parasites and Vectors.7(160), doi:10.1186/1756-3305-7-160
VENCLÍKOVÁ, K., MENDEL, J., BETÁŠOVÁ, L., BLAŽEJKOVÁ, H., JEDLIČKOVÁ, P., STRAKOVÁ, P., HUBÁLEK, Z., RUDOLF, I., 2016.Neglected tick-born pathogens in the Czech Republic, 2011-2014.Ticks and Tick-borne Diseases .7(1), 107-112, doi:10.1016/j.ttbdis.2015.09.004.