V rámci této práce byly pomocí sekvenační analýzy genů pro rRNA identifikovány mikroorganismy osidlující osivo pšenice seté (Triticum aestivum L.) a řepky olejné (Brassica napus L.). Bakterie byly identifikovány dle sekvence části genu pro 16S rRNA a houby dle sekvence části genu pro 28S rRNA. Následně byl posuzován vliv ošetření osiva nízkoteplotním plazmatem na životaschopnost detekovaných mikroorganismů.
Anotace v angličtině
Microorganisms colonizing seed of wheat (Triticum aestivum L.) and oilseed rape (Brassica napus L.) were identified by sequencing analysis of genes encoding rRNA in this thesis. Bacteria were identified according to the sequence of part of gene for 16S rRNA and fungi were identified according to the sequence of part of gene for 28S rRNA. Subsequently, the effect of low-temperature plasma seed treatment on the viability of the detected microorganisms was assessed.
Klíčová slova
nízkoteplotní plazma, metagenomická analýza, gen kódující 16S rRNA, gen kódující 28S rRNA, fytopatogeny, eliminace mikroorganismů
V rámci této práce byly pomocí sekvenační analýzy genů pro rRNA identifikovány mikroorganismy osidlující osivo pšenice seté (Triticum aestivum L.) a řepky olejné (Brassica napus L.). Bakterie byly identifikovány dle sekvence části genu pro 16S rRNA a houby dle sekvence části genu pro 28S rRNA. Následně byl posuzován vliv ošetření osiva nízkoteplotním plazmatem na životaschopnost detekovaných mikroorganismů.
Anotace v angličtině
Microorganisms colonizing seed of wheat (Triticum aestivum L.) and oilseed rape (Brassica napus L.) were identified by sequencing analysis of genes encoding rRNA in this thesis. Bacteria were identified according to the sequence of part of gene for 16S rRNA and fungi were identified according to the sequence of part of gene for 28S rRNA. Subsequently, the effect of low-temperature plasma seed treatment on the viability of the detected microorganisms was assessed.
Klíčová slova
nízkoteplotní plazma, metagenomická analýza, gen kódující 16S rRNA, gen kódující 28S rRNA, fytopatogeny, eliminace mikroorganismů
Cílem práce je detekovat a identifikovat patogenní mikroorganismy vyskytující se na semenech hospodářsky významných plodin na základě sekvenování specifických úseků rDNA a vyhodnotit vliv ošetření materiálu
pomocí nízkoteplotní plazmy na skladbu patogenů.
1) Úvod - stručný nástin do problematiky výskytu patogenních hub u hospodářsky významných plodin.
2) Literární přehled - zhodnocení významu patogenů na zdravotní stav a přehled mikroorganismů nejčastěji se vyskytujících na semenech hospodářsky významných rostlin. Porovnání metod, které mají vliv na zlepšení
zdravotního stavu osiva. Využití sekvenační metody jako vhodného nástroje k identifikaci patogenů. Popis nízkoteplotní plazmy jako možného zdroje pro ozdravení osiva.
3) Cíl práce - definice hypotéz a cílů práce.
4) Materiál a metody - popis použitého materiálu a metod.
5) Výsledky - vyhodnocení výskytu patogenů před a po ošetření nízkoteplotní plazmou. Na základě výsledků sekvenační analýzy popsat spektrum složení patogenů.
6) Diskuze - porovnání vlastních výsledků s literárními zdroji, posouzení možností praktického uplatnění dosažených výsledků, poznatků a doporučení.
7) Závěr - přehledné shrnutí nejdůležitějších poznatků, naplnění cílů práce, doporučení vyplývajících z řešené problematiky.
8) Seznam použité literatury - v abecedním pořadí dle platné citační normy ČSN ISO 690 (01 0197)
9) Obsah - uvedení jednotlivých kapitol práce.
Zásady pro vypracování
Cílem práce je detekovat a identifikovat patogenní mikroorganismy vyskytující se na semenech hospodářsky významných plodin na základě sekvenování specifických úseků rDNA a vyhodnotit vliv ošetření materiálu
pomocí nízkoteplotní plazmy na skladbu patogenů.
1) Úvod - stručný nástin do problematiky výskytu patogenních hub u hospodářsky významných plodin.
2) Literární přehled - zhodnocení významu patogenů na zdravotní stav a přehled mikroorganismů nejčastěji se vyskytujících na semenech hospodářsky významných rostlin. Porovnání metod, které mají vliv na zlepšení
zdravotního stavu osiva. Využití sekvenační metody jako vhodného nástroje k identifikaci patogenů. Popis nízkoteplotní plazmy jako možného zdroje pro ozdravení osiva.
3) Cíl práce - definice hypotéz a cílů práce.
4) Materiál a metody - popis použitého materiálu a metod.
5) Výsledky - vyhodnocení výskytu patogenů před a po ošetření nízkoteplotní plazmou. Na základě výsledků sekvenační analýzy popsat spektrum složení patogenů.
6) Diskuze - porovnání vlastních výsledků s literárními zdroji, posouzení možností praktického uplatnění dosažených výsledků, poznatků a doporučení.
7) Závěr - přehledné shrnutí nejdůležitějších poznatků, naplnění cílů práce, doporučení vyplývajících z řešené problematiky.
8) Seznam použité literatury - v abecedním pořadí dle platné citační normy ČSN ISO 690 (01 0197)
9) Obsah - uvedení jednotlivých kapitol práce.
Seznam doporučené literatury
BURNS, Robert. Plant pathology: techniques and protocols ; edited by Robert Burns. New York: Humana Press, 2009. Methods in molecular biology. ISBN 978-1-58829-799-0
DIAZ, D.E. The Mycotoxin blue book. Nottingham: Nottingham University Press, 2005. ISBN 1-904761-19-4
GOLOB, P. On-farm mycotoxin control in food and feed grain. Rome: FAO, 2007. Good practices for animal feed and livestock. Training manual (FAO). ISBN 978-92-5-105852-7.
J. Michael Janda, Sharon L. Abbott (2007): 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Identification in the Diagnostic Laboratory: Pluses, Perils, and Pitfalls. J Clin Microbiol. 45: 2761-2764.
KOH, Hee-Jong a Suk-Yoon KWON. Current technologies in plant molecular breeding: a guide book of plant molecular beeding for researchers. Dordrecht: Springer, 2015. ISBN 978-94-017-9995-9.
Schoch CL, Seifert KA, Huhndorf S, Robert V, Spouge JL, Levesque CA, Chen W, Fungal Barcoding Consortium (2012) Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi.
Proc Natl Acad Sci USA. 109, 6241-6246.
TANG, Juming, Elizabeth J. MITCHAM, Shaojing WANG a S. LURIE. Heat treatments for postharvest pest control: theory and practice. Wallingford, Oxfordshire, UK: CABI, 2007
WEISING, K., et al. DNA fingerprinting in plants: principles, methods, and applications. CRC Press, 2005. Boca Raton, USA. ISBN 0-8493-1488-7
Retrospektivní rešerše z databází: AGRIS, Web of Science, Biological Abstracts
Seznam doporučené literatury
BURNS, Robert. Plant pathology: techniques and protocols ; edited by Robert Burns. New York: Humana Press, 2009. Methods in molecular biology. ISBN 978-1-58829-799-0
DIAZ, D.E. The Mycotoxin blue book. Nottingham: Nottingham University Press, 2005. ISBN 1-904761-19-4
GOLOB, P. On-farm mycotoxin control in food and feed grain. Rome: FAO, 2007. Good practices for animal feed and livestock. Training manual (FAO). ISBN 978-92-5-105852-7.
J. Michael Janda, Sharon L. Abbott (2007): 16S rRNA Gene Sequencing for Bacterial Identification in the Diagnostic Laboratory: Pluses, Perils, and Pitfalls. J Clin Microbiol. 45: 2761-2764.
KOH, Hee-Jong a Suk-Yoon KWON. Current technologies in plant molecular breeding: a guide book of plant molecular beeding for researchers. Dordrecht: Springer, 2015. ISBN 978-94-017-9995-9.
Schoch CL, Seifert KA, Huhndorf S, Robert V, Spouge JL, Levesque CA, Chen W, Fungal Barcoding Consortium (2012) Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi.
Proc Natl Acad Sci USA. 109, 6241-6246.
TANG, Juming, Elizabeth J. MITCHAM, Shaojing WANG a S. LURIE. Heat treatments for postharvest pest control: theory and practice. Wallingford, Oxfordshire, UK: CABI, 2007
WEISING, K., et al. DNA fingerprinting in plants: principles, methods, and applications. CRC Press, 2005. Boca Raton, USA. ISBN 0-8493-1488-7
Retrospektivní rešerše z databází: AGRIS, Web of Science, Biological Abstracts