Pseudomonas syringae van Hall 1902 (Ps) je významným bakteriálním patogenem parazitujícím na širokém okruhu rostlin. Ps se rozděluje do patovarů podle hostitelského okruhu rostlin. Cílem této diplomové práce bylo stanovení velikosti genomu pomocí restrikčního štěpení a PFGE dostupných patovarů Ps, osekvenování vybraných genů a návrh oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu. Velikosti genomu zjištěné restrikčním štěpením a separací pomocí PFGE se lišily od dat dostupných ve veřejných databázích cca o 500 - 2000 kbp. Metoda je proto méně vhodná pro přesné stanovení velikosti genomu a takto získané výsledky jsou spíše orientační. Osekvenovány byly geny pro 16S a 23S rRNA, 16S-23S ITS a gyrB. Na jejich základě byla determinována vzájemná genetická variabilita patovarů Ps a porovnána s obdobnými pracemi. Sekvenování DNA bylo rovněž podkladem pro navržení oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu.
Anotace v angličtině
Pseudomonas syringae van Hall 1902 (Ps) is important bacterial pathogen parasiting on wide spectrum of plants. Ps is sorted to pathovars according to host plant. The aim of this thesis was determining of genome size using restriction cleavage and PFGE on available Ps pathovars, sequencing of selected genes and oligonucleotide design for assembling DNA microarray. Genome sizes determined by restriction cleavage and separation with PFGE were different from database data by about 500 - 2000 kbp. Therefore the method is less usefull for accurate determining of genome size. Genes for 16S and 23S rRNA, 16S-23S ITS and gyrB were sequenced mutual variability of Ps pathovars was evaluated and compared to similar works. DNA sequencing was also basis for oligonucleotide DNA chip design.
Klíčová slova
Pseudomonas syringae, PFGE, sekvenování, DNA čip
Klíčová slova v angličtině
Pseudomonas syringae, PFGE, sequencing, DNA microarray
Rozsah průvodní práce
41 s.
Jazyk
CZ
Anotace
Pseudomonas syringae van Hall 1902 (Ps) je významným bakteriálním patogenem parazitujícím na širokém okruhu rostlin. Ps se rozděluje do patovarů podle hostitelského okruhu rostlin. Cílem této diplomové práce bylo stanovení velikosti genomu pomocí restrikčního štěpení a PFGE dostupných patovarů Ps, osekvenování vybraných genů a návrh oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu. Velikosti genomu zjištěné restrikčním štěpením a separací pomocí PFGE se lišily od dat dostupných ve veřejných databázích cca o 500 - 2000 kbp. Metoda je proto méně vhodná pro přesné stanovení velikosti genomu a takto získané výsledky jsou spíše orientační. Osekvenovány byly geny pro 16S a 23S rRNA, 16S-23S ITS a gyrB. Na jejich základě byla determinována vzájemná genetická variabilita patovarů Ps a porovnána s obdobnými pracemi. Sekvenování DNA bylo rovněž podkladem pro navržení oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu.
Anotace v angličtině
Pseudomonas syringae van Hall 1902 (Ps) is important bacterial pathogen parasiting on wide spectrum of plants. Ps is sorted to pathovars according to host plant. The aim of this thesis was determining of genome size using restriction cleavage and PFGE on available Ps pathovars, sequencing of selected genes and oligonucleotide design for assembling DNA microarray. Genome sizes determined by restriction cleavage and separation with PFGE were different from database data by about 500 - 2000 kbp. Therefore the method is less usefull for accurate determining of genome size. Genes for 16S and 23S rRNA, 16S-23S ITS and gyrB were sequenced mutual variability of Ps pathovars was evaluated and compared to similar works. DNA sequencing was also basis for oligonucleotide DNA chip design.
Klíčová slova
Pseudomonas syringae, PFGE, sekvenování, DNA čip
Klíčová slova v angličtině
Pseudomonas syringae, PFGE, sequencing, DNA microarray
Zásady pro vypracování
Cílem diplomové práce je určení velikosti genomu u patovarů bakterie Pseudomonas
syringae pomocí makrorestrikčního štěpení s následnou separací pomocí techniky PFGE.
Z bakterií vyizolována intaktní genomová DNA se enzymaticky naštěpí na fragmenty,
které budou pomocí PFGE separovány. Velikost se určí srovnáním fragmentů s
molekulárními standardy.
Dalším cílem je navržení oligonukleotidů vhodných k výrobě DNA čipu pro paralelní
detekci patovarů Pseudomonas syringae.
Sekvenováním jednotlivých genů (16S rDNA, 23S rDNA, 16-23S ITS) získáme data,
která se budou následně softwarově analyzovat. Analýza umožní výběr vhodných úseků a
návrh specifických oligonukleotidů pro každý patovar.
Zásady pro vypracování
Cílem diplomové práce je určení velikosti genomu u patovarů bakterie Pseudomonas
syringae pomocí makrorestrikčního štěpení s následnou separací pomocí techniky PFGE.
Z bakterií vyizolována intaktní genomová DNA se enzymaticky naštěpí na fragmenty,
které budou pomocí PFGE separovány. Velikost se určí srovnáním fragmentů s
molekulárními standardy.
Dalším cílem je navržení oligonukleotidů vhodných k výrobě DNA čipu pro paralelní
detekci patovarů Pseudomonas syringae.
Sekvenováním jednotlivých genů (16S rDNA, 23S rDNA, 16-23S ITS) získáme data,
která se budou následně softwarově analyzovat. Analýza umožní výběr vhodných úseků a
návrh specifických oligonukleotidů pro každý patovar.
Seznam doporučené literatury
Nicola Sante Iacobellis et al.: Pseudomonas syringae and Related Pathogens: Biology
and Genetics, Springer 2003. 724 s.
Kůdela a kol.: Rostlinolékařská bakteriologie. AV ČR. Academia Praha, 2002. 347 s.
Rosypal a kol.: Obecná bakteriologie: SPN Praha, 1981. 749 s. (Vybr. kap.).
Krumphanzl a kol: Mikrobiální technologie. Academia Praha, 1988. 360 s.(Vybr. kap.).
Kaprálek: Fyziologie baktérií. SPN Praha, 1986. 603 s. (Vybrané kapitoly).
Sedláček: Taxonomie prokaryot. Masarykova univerzita, 2007. 270 s.
Průběžné studium vědeckých publikací týkajících se dané problematiky.
Seznam doporučené literatury
Nicola Sante Iacobellis et al.: Pseudomonas syringae and Related Pathogens: Biology
and Genetics, Springer 2003. 724 s.
Kůdela a kol.: Rostlinolékařská bakteriologie. AV ČR. Academia Praha, 2002. 347 s.
Rosypal a kol.: Obecná bakteriologie: SPN Praha, 1981. 749 s. (Vybr. kap.).
Krumphanzl a kol: Mikrobiální technologie. Academia Praha, 1988. 360 s.(Vybr. kap.).
Kaprálek: Fyziologie baktérií. SPN Praha, 1986. 603 s. (Vybrané kapitoly).
Sedláček: Taxonomie prokaryot. Masarykova univerzita, 2007. 270 s.
Průběžné studium vědeckých publikací týkajících se dané problematiky.