Odborné recenzované monografie
Šimánek, Jan, Doudlebsko v kuchyni a u stolu. Lidová strava z jihu Čech, České Budějovice 2021, 272 s.
Šimánek, Jan, Doudlebsko od jara do zimy. Výroční zvyky, slavnosti a zábavy z jihu Čech, České Budějovice 2019, 318 s.
Šimánek, Jan, Putování Doudlebskem za jeho písmáky, České Budějovice 2015, 190 s.
Kapitoly v odborných monografiích
Šimánek, Jan, Ouběnice – syntéza dějin rodné obce, in: Václav Bůžek (ed.), Dílo Josefa Petráně a současná historická věda. Pocta Jihočeské univerzity českému historikovi, Praha, Nakladatelství Lidové noviny 2020, s. 80-88.
Šimánek, Jan, Ruský diplomat Jan Vaclík (1830-1917), sudetoněmecký spisovatel Hans Watzlik (1879-1948), jejich společní příbuzní a rodové kořeny v jihočeské obci Plav, in: Petráš, Jiří – Rauchová, Jitka – Jiroušek, Bohumil – Kábová, Hana a kol., Excentrici, ironici a outsideři ve středoevropské moderní kultuře, České Budějovice 2019, s. 118-145.
Šimánek, Jan, Kamenný Újezd v době baroka, od třicetileté války až k josefinským reformám, in: Roman Lavička (ed.), Velké dějiny malého města. 750 let Kamenného Újezda, České Budějovice 2013, s. 93-123.
Šimánek, Jan, V Kamenném Újezdě od jara do zimy, in: Roman Lavička (ed.), Velké dějiny malého města. 750 let Kamenného Újezda, České Budějovice 2013, s. 305-314.
Šimánek, Jan, Úřad venkovských kostelníků na příkladu jihočeských farností Doudleby a Kamenný Újezd v 17. a 18. století, in: Václav Bůžek – Jaroslav Dibelka, Člověk a sociální skupina ve společnosti raného novověku, České Budějovice 2007 (= Opera historica 12), s. 169-186.
Články v recenzovaných domácích časopisech
Šimánek, Jan: Jihočeská lidová strava na příkladu národopisné oblasti Doudlebska (od poloviny 17. do počátku 20. století), Jihočeský sborník historický 90, 2021, s. 178-216.
Šimánek, Jan, „Zaniknutí koledníků bude dobrodiním pro mládež.“ Masopustní koleda na Doudlebsku ve světle kronikářských zápisů z první poloviny 20. století, Jihočeský sborník historický 87, 2018, s. 328-352.
Dibelka, Jaroslav - Šimánek, Jan, Krádeže v jihočeských kostelích na sklonku 17. a v první polovině 18. století, Opera historica 18, 2017, s. 26-44 (spoluautor).
Šimánek, Jan, Sociální poměry a kmotrovské vazby jednoho farního obvodu (Farnost Doudleby ve druhé polovině 17. století), Jihočeský sborník historický 84, 2015, s. 142-172.
Šimánek, Jan, Každodenní život farního a poutního kostela sv. Vincence v Doudlebech v době baroka, Jihočeský sborník historický 83, 2014, s. 64-105.
Šimánek, Jan, Farnost Kamenný Újezd v době baroka (1620-1780), Jihočeský sborník historický 82, 2013, s. 48-82.
Sterneck, Tomáš - Šimánek, Jan, Náhrobníky kostela sv. Vincence v Doudlebech, Jihočeský sborník historický 80, 2011, s. 191-232 (spoluautor).
Články v ostatních domácích časopisech
Šimánek, Jan, ThDr. Jan Zítek – historik, spisovatel a národopisec jihočeského Doudlebska, Výběr. Časopis pro historii a vlastivědu jižních Čech 51, 2014, č. 2, s. 123-138.
Šimánek, Jan, Tři vzpomínky na České Budějovice z pamětí JUDr. Františka Kříže, Staré Budějovice 4, 2010, s. 139-144.
Sterneck, Tomáš - Šimánek, Jan, Středověké doudlebské fortifikace v zápisech z druhé poloviny 16. a počátku 17. století, Výběr 44, 2007, č. 4, s. 334-352 (spoluautor).
Popularizační monografie
Šimánek, Jan – Sterneck, Tomáš – Lavička, Roman – Havlice, Jiří, Doudleby. Historie, památky, tradice, Doudleby 2008, 93 s.
